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  1. Sabedot, Thais S.; Cassel, Seth H.; Gao, Galen F.; Lareau, Caleb A.; Cherniack, Andrew; Lazar, Alexander; Kadoch, Cigall; Noushmehr, Houtan

    Abstract 907: Bioinformatic method to define epigenetically regulated enhancer elements associated with cancer

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    American Association for Cancer Research (AACR), 2019

    Erschienen in: Cancer Research, 79 (2019) 13_Supplement, Seite 907-907

  5. Davis, Nicholas A.; Lareau, Caleb A.; White, Bill C.; Pandey, Ahwan; Wiley, Graham; Montgomery, Courtney G.; Gaffney, Patrick M.; McKinney, B. A.

    Encore: Genetic Association Interaction Network Centrality Pipeline and Application to SLE Exome Data

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    Wiley, 2013

    Erschienen in: Genetic Epidemiology, 37 (2013) 6, Seite 614-621

  6. Penter, Livius; ten Hacken, Elisa; Southard, Jackson; Lareau, Caleb A.; Ludwig, Leif S.; Li, Shuqiang; Neuberg, Donna S.; Livak, Kenneth J.; Wu, Catherine J.

    Mitochondrial DNA Mutations as Natural Barcodes for Lineage Tracing of Murine Tumor Models

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    American Association for Cancer Research (AACR), 2023

    Erschienen in: Cancer Research, 83 (2023) 5, Seite 667-672

  7. Grünewald, Julian; Zhou, Ronghao; Lareau, Caleb A.; Garcia, Sara P.; Iyer, Sowmya; Miller, Bret R.; Langner, Lukas M.; Hsu, Jonathan Y.; Aryee, Martin J.; Joung, J. Keith

    A dual-deaminase CRISPR base editor enables concurrent adenine and cytosine editing

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    Springer Science and Business Media LLC, 2020

    Erschienen in: Nature Biotechnology, 38 (2020) 7, Seite 861-864

  8. Chen, Huidong; Lareau, Caleb; Andreani, Tommaso; Vinyard, Michael E.; Garcia, Sara P.; Clement, Kendell; Andrade-Navarro, Miguel A.; Buenrostro, Jason D.; Pinello, Luca

    Assessment of computational methods for the analysis of single-cell ATAC-seq data

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    Springer Science and Business Media LLC, 2019

    Erschienen in: Genome Biology, 20 (2019) 1

  9. Pan, Joshua; McKenzie, Zachary M.; D’Avino, Andrew R.; Mashtalir, Nazar; Lareau, Caleb A.; St. Pierre, Roodolph; Wang, Lu; Shilatifard, Ali; Kadoch, Cigall

    The ATPase module of mammalian SWI/SNF family complexes mediates subcomplex identity and catalytic activity–independent genomic targeting

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    Springer Science and Business Media LLC, 2019

    Erschienen in: Nature Genetics, 51 (2019) 4, Seite 618-626

  10. Buenrostro, Jason D.; Corces, M. Ryan; Lareau, Caleb A.; Wu, Beijing; Schep, Alicia N.; Aryee, Martin J.; Majeti, Ravindra; Chang, Howard Y.; Greenleaf, William J.

    Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell, 173 (2018) 6, Seite 1535-1548.e16

  11. Pelikan, Richard C.; Kelly, Jennifer A.; Fu, Yao; Lareau, Caleb A.; Tessneer, Kandice L.; Wiley, Graham B.; Wiley, Mandi M.; Glenn, Stuart B.; Harley, John B.; Guthridge, Joel M.; James, Judith A.; Aryee, Martin J.; Montgomery, Courtney; Gaffney, Patrick M.

    Enhancer histone-QTLs are enriched on autoimmune risk haplotypes and influence gene expression within chromatin networks

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    Springer Science and Business Media LLC, 2018

    Erschienen in: Nature Communications, 9 (2018) 1

  12. Garman, Lori; Pelikan, Richard C.; Rasmussen, Astrid; Lareau, Caleb A.; Savoy, Kathryn A.; Deshmukh, Umesh S.; Bagavant, Harini; Levin, Albert M.; Daouk, Salim; Drake, Wonder P.; Montgomery, Courtney G.

    Single Cell Transcriptomics Implicate Novel Monocyte and T Cell Immune Dysregulation in Sarcoidosis

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    Frontiers Media SA, 2020

    Erschienen in: Frontiers in Immunology, 11 (2020)

  13. Lareau, Caleb A.; Liu, Vincent; Muus, Christoph; Praktiknjo, Samantha D.; Nitsch, Lena; Kautz, Pauline; Sandor, Katalin; Yin, Yajie; Gutierrez, Jacob C.; Pelka, Karin; Satpathy, Ansuman T.; Regev, Aviv; Sankaran, Vijay G.; Ludwig, Leif S.

    Mitochondrial single-cell ATAC-seq for high-throughput multi-omic detection of mitochondrial genotypes and chromatin accessibility

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: Nature Protocols, 18 (2023) 5, Seite 1416-1440

  14. Kartha, Vinay K.; Duarte, Fabiana M.; Hu, Yan; Ma, Sai; Chew, Jennifer G.; Lareau, Caleb A.; Earl, Andrew; Burkett, Zach D.; Kohlway, Andrew S.; Lebofsky, Ronald; Buenrostro, Jason D.

    Functional inference of gene regulation using single-cell multi-omics

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    Elsevier BV, 2022

    Erschienen in: Cell Genomics, 2 (2022) 9, Seite 100166

  15. Kawakami, Ryoji; Kitagawa, Yohko; Chen, Kelvin Y.; Arai, Masaya; Ohara, Daiya; Nakamura, Yamami; Yasuda, Keiko; Osaki, Motonao; Mikami, Norihisa; Lareau, Caleb A.; Watanabe, Hitomi; Kondoh, Gen; Hirota, Keiji; Ohkura, Naganari; Sakaguchi, Shimon

    Distinct Foxp3 enhancer elements coordinate development, maintenance, and function of regulatory T cells

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    Elsevier BV, 2021

    Erschienen in: Immunity, 54 (2021) 5, Seite 947-961.e8

  16. Penter, Livius; Southard, Jackson; Li, Shuqiang; Lareau, Caleb A.; Ludwig, Leif S.; Cieri, Nicoletta; Maurer, Alexandria; DeAngelo, Daniel J.; Ranasinghe, Srinika; Neuberg, Donna S.; Sankaran, Vijay G.; Soiffer, Robert J.; Livak, Kenneth J.; Garcia, Jacqueline S.; Wu, Catherine J.

    Mitochondrial DNA Mutations Distinguish Individual Donor- and Recipient-Derived Immune Cells Following Matched Unrelated Allogeneic Stem Cell Transplantation

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    American Society of Hematology, 2021

    Erschienen in: Blood, 138 (2021) Supplement 1, Seite 1689-1689

  17. Lareau, Caleb A.; Duarte, Fabiana M.; Chew, Jennifer G.; Kartha, Vinay K.; Burkett, Zach D.; Kohlway, Andrew S.; Pokholok, Dmitry; Aryee, Martin J.; Steemers, Frank J.; Lebofsky, Ronald; Buenrostro, Jason D.

    Droplet-based combinatorial indexing for massive-scale single-cell chromatin accessibility

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    Springer Science and Business Media LLC, 2019

    Erschienen in: Nature Biotechnology, 37 (2019) 8, Seite 916-924

  18. Bao, Erik L.; Lareau, Caleb A.; Brugnara, Carlo; Fulcher, Isabel R.; Barau, Caroline; Moutereau, Stephane; Habibi, Anoosha; Badaoui, Bouchra; Berkenou, Jugurtha; Bartolucci, Pablo; Galactéros, Frédéric; Platt, Orah S.; Mahaney, Michael; Sankaran, Vijay G.

    Heritability of fetal hemoglobin, white cell count, and other clinical traits from a sickle cell disease family cohort

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    Wiley, 2019

    Erschienen in: American Journal of Hematology, 94 (2019) 5, Seite 522-527

  19. Chen, Huidong; Albergante, Luca; Hsu, Jonathan Y.; Lareau, Caleb A.; Lo Bosco, Giosuè; Guan, Jihong; Zhou, Shuigeng; Gorban, Alexander N.; Bauer, Daniel E.; Aryee, Martin J.; Langenau, David M.; Zinovyev, Andrei; Buenrostro, Jason D.; Yuan, Guo-Cheng; Pinello, Luca

    Single-cell trajectories reconstruction, exploration and mapping of omics data with STREAM

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    Springer Science and Business Media LLC, 2019

    Erschienen in: Nature Communications, 10 (2019) 1

  20. Ludwig, Leif S.; Lareau, Caleb A.; Bao, Erik L.; Nandakumar, Satish K.; Muus, Christoph; Ulirsch, Jacob C.; Chowdhary, Kaitavjeet; Buenrostro, Jason D.; Mohandas, Narla; An, Xiuli; Aryee, Martin J.; Regev, Aviv; Sankaran, Vijay G.

    Transcriptional States and Chromatin Accessibility Underlying Human Erythropoiesis

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    Elsevier BV, 2019

    Erschienen in: Cell Reports, 27 (2019) 11, Seite 3228-3240.e7