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  1. Sirén, Jouni [VerfasserIn]; Garrison, Erik [VerfasserIn]; Novak, Adam M. [VerfasserIn]; Paten, Benedict J. [VerfasserIn]; Durbin, Richard [VerfasserIn] ; Jouni Sirén and Erik Garrison and Adam M. Novak and Benedict J. Paten and Richard Durbin [MitwirkendeR]

    Haplotype-aware graph indexes

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2018

  2. Muggli, Martin D. [VerfasserIn]; Puglisi, Simon J. [VerfasserIn]; Boucher, Christina [VerfasserIn] ; Martin D. Muggli and Simon J. Puglisi and Christina Boucher [MitwirkendeR]

    A Succinct Solution to Rmap Alignment

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2018

  3. Hong, Aaron [VerfasserIn]; Oliva, Marco [VerfasserIn]; Köppl, Dominik [VerfasserIn]; Bannai, Hideo [VerfasserIn]; Boucher, Christina [VerfasserIn]; Gagie, Travis [VerfasserIn] ; Aaron Hong and Marco Oliva and Dominik Köppl and Hideo Bannai and Christina Boucher and Travis Gagie [MitwirkendeR]

    Acceleration of FM-Index Queries Through Prefix-Free Parsing

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2023

  4. Gagie, Travis [VerfasserIn]; Gourdel, Garance [VerfasserIn]; Manzini, Giovanni [VerfasserIn] ; Travis Gagie and Garance Gourdel and Giovanni Manzini [MitwirkendeR]

    Compressing and Indexing Aligned Readsets

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2021

  5. Nakagawa, Yoshiki [VerfasserIn]; Ohata, Satsuya [VerfasserIn]; Shimizu, Kana [VerfasserIn] ; Yoshiki Nakagawa and Satsuya Ohata and Kana Shimizu [MitwirkendeR]

    Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2021

  6. Ganguly, Arnab [VerfasserIn]; Gibney, Daniel [VerfasserIn]; Hooshmand, Sahar [VerfasserIn]; Külekci, M. Oğuzhan [VerfasserIn]; Thankachan, Sharma V. [VerfasserIn] ; Arnab Ganguly and Daniel Gibney and Sahar Hooshmand and M. Oğuzhan Külekci and Sharma V. Thankachan [MitwirkendeR]

    FM-Index Reveals the Reverse Suffix Array

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2020

  7. Loka, Tobias Pascal [VerfasserIn] ; male [MitwirkendeR]; Renard, Bernhard Y. [MitwirkendeR]; Friedel, Caroline [MitwirkendeR]

    Advanced Strategies for Alignment-based Real-time Analysis and Data Protection in Next-Generation Sequencing ; Fortschrittliche Strategien für alignierungs-basierte Echtzeit-Analyse und Datenschutz in Next-Generation Sequencing

    Hochschulschriften
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    Freie Universität Berlin: Refubium (FU Berlin), 2020

  8. Díaz-Domínguez, Diego [VerfasserIn]; Dönges, Saska [VerfasserIn]; Puglisi, Simon J. [VerfasserIn]; Salmela, Leena [VerfasserIn] ; Diego Díaz-Domínguez and Saska Dönges and Simon J. Puglisi and Leena Salmela [MitwirkendeR]

    Simple Runs-Bounded FM-Index Designs Are Fast

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2023

  9. Gog, Simon [VerfasserIn]; Kärkkäinen, Juha [VerfasserIn]; Kempa, Dominik [VerfasserIn]; Petri, Matthias [VerfasserIn]; Puglisi, Simon J. [VerfasserIn]

    Fixed Block Compression Boosting in FM-Indexes: Theory and Practice

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    Springer, 2019-11-22

    Erschienen in: Algorithmica, 81 (4), 1370–1391 ; ISSN: 0178-4617, 1432-0541