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  1. Kim, Eun Na; Chen, Phyllis Zixuan; Bressan, Dario; Tripathi, Monika; Miremadi, Ahmad; di Pietro, Massimiliano; Coussens, Lisa M.; Hannon, Gregory J.; Fitzgerald, Rebecca C.; Zhuang, Lizhe; Chang, Young Hwan

    Dual-modality imaging of immunofluorescence and imaging mass cytometry for whole-slide imaging and accurate segmentation

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    Elsevier BV, 2023

    Erschienen in: Cell Reports Methods

  2. Abujudeh, Sam; Zeki, Sebastian S.; van Lanschot, Meta C.J.; Pusung, Mark; Weaver, Jamie M.J.; Li, Xiaodun; Noorani, Ayesha; Metz, Andrew J.; Bornschein, Jan; Bower, Lawrence; Miremadi, Ahmad; Fitzgerald, Rebecca C.; Morrissey, Edward R.; Lynch, Andy G.

    Low-cost and clinically applicable copy number profiling using repeat DNA

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    Springer Science and Business Media LLC, 2022

    Erschienen in: BMC Genomics

  3. Januszewicz, Wladyslaw; Pilonis, Nastazja D; Sawas, Tarek; Phillips, Richard; O'Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Malhotra, Shalini; Tripathi, Monika; Blasko, Adrienn; Katzka, David A; Fitzgerald, Rebecca C; di Pietro, Massimiliano

    The utility of P53 immunohistochemistry in the diagnosis of Barrett's oesophagus with indefinite for dysplasia

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    Wiley, 2022

    Erschienen in: Histopathology

  4. Januszewicz, Wladyslaw; Pilonis, Nastazja Dagny; Sawas, Tarek; Phillips, Richard; O'Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Malhotra, Shalini; Tripathi, Monika; Blasko, Adrienn; Katzka, David A.; Fitzgerald, Rebecca C.; di Pietro, Massimiliano

    The Utility of P53 Immunohistochemistry in the Diagnosis of Barrett's Esophagus with Indefinite for Dysplasia

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    Elsevier BV, 2021

    Erschienen in: SSRN Electronic Journal

  5. Killcoyne, Sarah; Gregson, Eleanor; Wedge, David C.; Woodcock, Dan J.; Eldridge, Matthew D.; de la Rue, Rachel; Miremadi, Ahmad; Abbas, Sujath; Blasko, Adrienn; Kosmidou, Cassandra; Januszewicz, Wladyslaw; Jenkins, Aikaterini Varanou; Gerstung, Moritz; Fitzgerald, Rebecca C.

    Genomic copy number predicts esophageal cancer years before transformation

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    Springer Science and Business Media LLC, 2020

    Erschienen in: Nature Medicine

  6. Paterson, Anna L; Lao‐Sirieix, Pierre; O'Donovan, Maria; Debiram‐Beecham, Irene; di Pietro, Massimiliano; Miremadi, Ahmad; Attwood, Stephen E; Walter, Fiona M; Sasieni, Peter D; Fitzgerald, Rebecca C

    Range of pathologies diagnosed using a minimally invasive capsule sponge to evaluate patients with reflux symptoms

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    Wiley, 2017

    Erschienen in: Histopathology

  7. Bornschein, Jan; Secrier, Maria; Wernisch, Lorenz; Newton, Richard; Perner, Juliane; MacRae, Shona; O'Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Menon, Suraj; Selgrad, Michael; Venerito, Marino; Malfertheiner, Peter; Fitzgerald, Rebecca C.

    Tu2054 Siewert Type Does Not Reflect Cancer Biology at the Gastro-Esophageal Junction

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    Elsevier BV, 2016

    Erschienen in: Gastroenterology

  8. Noorani, Ayesha; Li, Xiaodun; Goddard, Martin; Crawte, Jason; Alexandrov, Ludmil B.; Secrier, Maria; Eldridge, Matthew D.; Bower, Lawrence; Weaver, Jamie; Lao-Sirieix, Pierre; Martincorena, Inigo; Debiram-Beecham, Irene; Grehan, Nicola; MacRae, Shona; Malhotra, Shalini; Miremadi, Ahmad; Thomas, Tabitha; Galbraith, Sarah; Petersen, Lorraine; Preston, Stephen D.; Gilligan, David; Hindmarsh, Andrew; Hardwick, Richard H.; Stratton, Michael R.; [...]

    Genomic evidence supports a clonal diaspora model for metastases of esophageal adenocarcinoma

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    Springer Science and Business Media LLC, 2020

    Erschienen in: Nature Genetics

  9. Bornschein, Jan; Wernisch, Lorenz; Secrier, Maria; Miremadi, Ahmad; Perner, Juliane; MacRae, Shona; O'Donovan, Maria; Newton, Richard; Menon, Suraj; Bower, Lawrence; Eldridge, Matthew D.; Devonshire, Ginny; Cheah, Calvin; Turkington, Richard; Hardwick, Richard H.; Selgrad, Michael; Venerito, Marino; Malfertheiner, Peter; Fitzgerald, Rebecca C.

    Transcriptomic profiling reveals three molecular phenotypes of adenocarcinoma at the gastroesophageal junction

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    Wiley, 2019

    Erschienen in: International Journal of Cancer

  10. Noorani, Ayesha; Goddard, Martin; Crawte, Jason; Alexandrov, Ludmil B.; Secrier, Maria; Eldridge, Matthew D.; Bower, Lawrence; Li, Xiaodun; Weaver, Jamie; LaooSirieix, Pierre; Martincorena, Inigo; DebirammBeecham, Irene; Grehan, Nicola; MacRae, Shona; Malhotra, Shalini; Miremadi, Ahmad; Thomas, Tabitha; Galbraith, Sarah; Petersen, Lorraine; Preston, Stephen D.; Gilligan, David; Hindmarsh, Andrew; Hardwick, Richard H.; Consortium, OCCAMS; [...]

    Clonal Diaspora in Metastatic Esophageal Adenocarcinoma Describes a New Model of Cancer Progression

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: SSRN Electronic Journal

  11. Li, Xiaodun; Francies, Hayley E.; Secrier, Maria; Perner, Juliane; Miremadi, Ahmad; Galeano-Dalmau, Núria; Barendt, William J.; Letchford, Laura; Leyden, Genevieve M.; Goffin, Emma K.; Barthorpe, Andrew; Lightfoot, Howard; Chen, Elisabeth; Gilbert, James; Noorani, Ayesha; Devonshire, Ginny; Bower, Lawrence; Grantham, Amber; MacRae, Shona; Grehan, Nicola; Wedge, David C.; Fitzgerald, Rebecca C.; Garnett, Mathew J.

    Organoid cultures recapitulate esophageal adenocarcinoma heterogeneity providing a model for clonality studies and precision therapeutics

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    Springer Science and Business Media LLC, 2018

    Erschienen in: Nature Communications

  12. Li, Xiaodun; Kleeman, Sam; Coburn, Sally B.; Fumagalli, Carlo; Perner, Juliane; Jammula, Sriganesh; Pfeiffer, Ruth M.; Orzolek, Linda; Hao, Haiping; Taylor, Philip R.; Miremadi, Ahmad; Galeano-Dalmau, Núria; Lao-Sirieix, Pierre; Tennyson, Maria; MacRae, Shona; Cook, Michael B.; Fitzgerald, Rebecca C.

    Selection and Application of Tissue microRNAs for Nonendoscopic Diagnosis of Barrett’s Esophagus

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Gastroenterology

  13. Secrier, Maria; Li, Xiaodun; de Silva, Nadeera; Eldridge, Matthew D; Contino, Gianmarco; Bornschein, Jan; MacRae, Shona; Grehan, Nicola; O'Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Yang, Tsun-Po; Bower, Lawrence; Chettouh, Hamza; Crawte, Jason; Galeano-Dalmau, Núria; Grabowska, Anna; Saunders, John; Underwood, Tim; Waddell, Nicola; Barbour, Andrew P; Nutzinger, Barbara; Achilleos, Achilleas; Edwards, Paul A W; Lynch, Andy G; [...]

    Erratum: Corrigendum: Mutational signatures in esophageal adenocarcinoma define etiologically distinct subgroups with therapeutic relevance

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    Springer Science and Business Media LLC, 2017

    Erschienen in: Nature Genetics

  14. Secrier, Maria; Li, Xiaodun; de Silva, Nadeera; Eldridge, Matthew D; Contino, Gianmarco; Bornschein, Jan; MacRae, Shona; Grehan, Nicola; O'Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Yang, Tsun-Po; Bower, Lawrence; Chettouh, Hamza; Crawte, Jason; Galeano-Dalmau, Núria; Grabowska, Anna; Saunders, John; Underwood, Tim; Waddell, Nicola; Barbour, Andrew P; Nutzinger, Barbara; Achilleos, Achilleas; Edwards, Paul A W; Lynch, Andy G; [...]

    Mutational signatures in esophageal adenocarcinoma define etiologically distinct subgroups with therapeutic relevance

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    Springer Science and Business Media LLC, 2016

    Erschienen in: Nature Genetics

  15. Turkington, Richard C; Knight, Laura A; Blayney, Jaine K; Secrier, Maria; Douglas, Rosalie; Parkes, Eileen E; Sutton, Eilis K; Stevenson, Leanne; McManus, Damian; Halliday, Sophia; McCavigan, Andrena M; Logan, Gemma E; Walker, Steven M; Steele, Christopher J; Perner, Juliane; Bornschein, Jan; MacRae, Shona; Miremadi, Ahmad; McCarron, Eamon; McQuaid, Stephen; Arthur, Kenneth; James, Jacqueline A; Eatock, Martin M; O’Neill, Robert; [...]

    Immune activation by DNA damage predicts response to chemotherapy and survival in oesophageal adenocarcinoma

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    BMJ, 2019

    Erschienen in: Gut

  16. Peters, C. J.; Ang, Y.; Ciccarelli, F. D.; Coles, H.; Coleman, H. G.; Contino, G.; Crosby, T.; Devonshire, G.; Eldridge, M.; Freeman, A.; Grehan, N.; McCord, M.; Nutzinger, B.; Zamani, S.; Parsons, S. L.; Petty, R.; Sharrocks, A. D.; Skipworth, R. J. E.; Smyth, E. C.; Soomro, I.; Underwood, T. J.; Edwards, Paul A. W.; Redmond, Aisling M.; Loreno, Christine; [...]

    A decade of the Oesophageal Cancer Clinical and Molecular Stratification Consortium

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: Nature Medicine

  17. O’Shea, Robert; Withey, Samuel J.; Owczarczyk, Kasia; Rookyard, Christopher; Gossage, James; Godfrey, Edmund; Jobling, Craig; Parsons, Simon L.; Skipworth, Richard J. E.; Goh, Vicky; Fitzgerald, Rebecca C.; Edwards, Paul A. W.; Grehan, Nicola; Nutzinger, Barbara; Redmond, Aisling M.; Abbas, Sujath; Freeman, Adam; Smyth, Elizabeth C.; O’Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Malhotra, Shalini; Tripathi, Monika; Cheah, Calvin; Coles, Hannah; [...]

    Multicentre validation of CT grey-level co-occurrence matrix features for overall survival in primary oesophageal adenocarcinoma

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: European Radiology

  18. Abbas, Sujath; Pich, Oriol; Devonshire, Ginny; Zamani, Shahriar A.; Katz-Summercorn, Annalise; Killcoyne, Sarah; Cheah, Calvin; Nutzinger, Barbara; Grehan, Nicola; Lopez-Bigas, Nuria; Edwards, Paul A. W.; Fidziukiewicz, Elwira; Redmond, Aisling M.; Freeman, Adam; Smyth, Elizabeth C.; O’Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Malhotra, Shalini; Tripathi, Monika; Coles, Hannah; Flint, Conor; Eldridge, Matthew; Jammula, Sriganesh; Davies, Jim; [...]

    Mutational signature dynamics shaping the evolution of oesophageal adenocarcinoma

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: Nature Communications

  19. Kazachenka, Anastasiya; Loong, Jane Hc; Attig, Jan; Young, George R; Ganguli, Piyali; Devonshire, Ginny; Grehan, Nicola; Fitzgerald, Rebecca C; Edwards, Paul A W; Grehan, Nicola; Nutzinger, Barbara; Fidziukiewicz, Elwira; Redmond, Aisling M; Abbas, Sujath; Freeman, Adam; Smyth, Elizabeth C; O’Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Malhotra, Shalini; Tripathi, Monika; Cheah, Calvin; Coles, Hannah; Flint, Connor; Eldridge, Matthew; [...]

    The transcriptional landscape of endogenous retroelements delineates esophageal adenocarcinoma subtypes

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    Oxford University Press (OUP), 2023

    Erschienen in: NAR Cancer

  20. Ng, Alvin Wei Tian; Contino, Gianmarco; Killcoyne, Sarah; Devonshire, Ginny; Hsu, Ray; Abbas, Sujath; Su, Jing; Redmond, Aisling M.; Weaver, Jamie M. J.; Eldridge, Matthew D.; Tavaré, Simon; Grehan, Nicola; Nutzinger, Barbara; Fidziukiewicz, Elwira; Freeman, Adam; Smyth, Elizabeth C.; O’Donovan, Maria; Miremadi, Ahmad; Malhotra, Shalini; Tripathi, Monika; Cheah, Calvin; Coles, Hannah; Flint, Connor; Eldridge, Matthew; [...]

    Rearrangement processes and structural variations show evidence of selection in oesophageal adenocarcinomas

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    Springer Science and Business Media LLC, 2022

    Erschienen in: Communications Biology