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  1. Garrido-Rodriguez, Martin [Verfasser:in]; Zirngibl, Katharina [Verfasser:in]; Ivanova, Olga A. [Verfasser:in]; Lobentanzer, Sebastian [Verfasser:in]; Sáez Rodríguez, Julio [Verfasser:in]

    Integrating knowledge and omics to decipher mechanisms via large-scale models of signaling networks

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    31 May 2022

    Erschienen in: Molecular systems biology ; 18(2022), 7, Artikel-ID 11036, Seite 1-15

  2. Franke, Jakob [Verfasser:in]; Zhang, Yang [Verfasser:in]; Dang, Thu-Thuy T. [Verfasser:in]

    Editorial: Exploring and Engineering Plant Specialized Metabolism: Latest Advances and New Horizons - [published Version]

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    Lausanne : Frontiers Media, 2021

    Erschienen in: Frontiers in Plant Science (FPLS) 12 (2021) ; Frontiers in Plant Science (FPLS)

  3. Zhao, Jinxin [Verfasser:in]; Zhu, Yan [Verfasser:in]; Han, Jiru [Verfasser:in]; Lin, Yu-Wei [Verfasser:in]; Aichem, Michael [Verfasser:in]; Wang, Jiping [Verfasser:in]; Chen, Ke [Verfasser:in]; Velkov, Tony [Verfasser:in]; Schreiber, Falk [Verfasser:in]; Li, Jian [Verfasser:in]

    Genome-Scale Metabolic Modeling Reveals Metabolic Alterations of Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii in a Murine Bloodstream Infection Model

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    KOPS - The Institutional Repository of the University of Konstanz, 2020-11-16

    Erschienen in: Microorganisms. MDPI AG. 2020, 8(11), 1793. eISSN 2076-2607. Available under: doi:10.3390/microorganisms8111793

  4. Tietjen, Målin [Verfasser:in] ; Dubilier, Nicole [Akademische:r Betreuer:in]; Gruber-Vodicka, Harald [Akademische:r Betreuer:in]; Hentschel, Ute [Akademische:r Betreuer:in] Universität Bremen

    Physiology and ecology of deep-sea Bathymodiolus symbioses

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    Bremen, 2020

  5. Zhu, Yan [Verfasser:in]; Zhao, Jinxin [Verfasser:in]; Maifiah, Mohd Hafidz Mahamad [Verfasser:in]; Velkov, Tony [Verfasser:in]; Schreiber, Falk [Verfasser:in]; Li, Jian [Verfasser:in]

    Metabolic Responses to Polymyxin Treatment in Acinetobacter baumannii ATCC 19606 : Integrating transcriptomics and metabolomics with genome-scale metabolic modeling

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    KOPS - The Institutional Repository of the University of Konstanz, 2019-02-26

    Erschienen in: mSystems. 2019, 4(1), e00157-18. eISSN 2379-5077. Available under: doi:10.1128/mSystems.00157-18

  6. Drost, Hajk-Georg [Verfasser:in]; Bellstädt, Julia [Verfasser:in]; Ó'Maoiléidigh, Diarmuid S. [Verfasser:in]; Silva, Anderson T. [Verfasser:in]; Gabel, Alexander [Verfasser:in]; Weinholdt, Claus [Verfasser:in]; Ryan, Patrick T. [Verfasser:in]; Dekkers, Bas J. W. [Verfasser:in]; Bentsink, Leónie [Verfasser:in]; Hilhorst, Henk W. M. [Verfasser:in]; Ligterink, Jan Willem [Verfasser:in]; Wellmer, Frank [Verfasser:in]; Große, Ivo [Verfasser:in]; Quint, Marcel [Verfasser:in]

    Post-embryonic hourglass patterns mark ontogenetic transitions in plant development

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    2016

    Erschienen in: Molecular biology and evolution ; 35(2016), 5, Seite 1158-1163

  7. Bienroth, Denis [Verfasser:in]; Nim, Hieu T. [Verfasser:in]; Garkov, Dimitar [Verfasser:in]; Klein, Karsten [Verfasser:in]; Jaeger, Sabrina [Verfasser:in]; Ramialison, Mirana [Verfasser:in]; Schreiber, Falk [Verfasser:in]

    Spatially resolved transcriptomics in immersive environments

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    KOPS - The Institutional Repository of the University of Konstanz, 2022-01-10

    Erschienen in: Visual computing for industry, biomedicine, and art. Springer. 2022, 5(1), 2. eISSN 2524-4442. Available under: doi:10.1186/s42492-021-00098-6

  8. Jatzkowski, Frederik L. [Verfasser:in]; Schmidt, Antonia [Verfasser:in]; Mank, Robert [Verfasser:in]; Schüler, Steffen [Verfasser:in]; Müller-Hannemann, Matthias [Verfasser:in] ; Frederik L. Jatzkowski and Antonia Schmidt and Robert Mank and Steffen Schüler and Matthias Müller-Hannemann [Mitwirkende:r]

    Barcode Selection and Layout Optimization in Spatial Transcriptomics

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    Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2024

  9. Reinhardt, Julia [Verfasser:in]; Sharma, Virag [Verfasser:in]; Stavridou, Antigoni [Verfasser:in]; Lindner, Annett [Verfasser:in]; Reinhardt, Susanne [Verfasser:in]; Petzold, Andreas [Verfasser:in]; Lesche, Mathias [Verfasser:in]; Rost, Fabian [Verfasser:in]; Bonifacio, Ezio [Verfasser:in]; Eugster, Anne [Verfasser:in]

    Distinguishing activated T regulatory cell and T conventional cells by single-cell technologies

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    Oxford [u.a.]: Wiley-Blackwell, [2024]

    Erschienen in: Immunology ; 166,1 (2022), Seite 121-137

  10. Loeffler-Wirth, Henry [Verfasser:in]; Rade, Michael [Verfasser:in]; Arakelyan, Arsen [Verfasser:in]; Kreuz, Markus [Verfasser:in]; Loeffler, Markus [Verfasser:in]; Koehl, Ulrike [Verfasser:in]; Reiche, Kristin [Verfasser:in]; Binder, Hans [Verfasser:in]

    Transcriptional states of CAR-T infusion relate to neurotoxicity : lessons from high-resolution single-cell SOM expression portraying

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    Lausanne: Frontiers Media S.A., [2024]

    Erschienen in: Frontiers in Immunology ; 13, (2022)

  11. Broséus, Julien [Verfasser:in]; Hergalant, Sébastien [Verfasser:in]; Vogt, Julia [Verfasser:in]; Tausch, Eugen [Verfasser:in]; Kreuz, Markus [Verfasser:in]; Mottok, Anja [Verfasser:in]; Schneider, Christof [Verfasser:in]; Dartigeas, Caroline [Verfasser:in]; Roos-Weil, Damien [Verfasser:in]; Quinquenel, Anne [Verfasser:in]; Moulin, Charline [Verfasser:in]; Ott, German [Verfasser:in]; Blanchet, Odile [Verfasser:in]; Tomowiak, Cécile [Verfasser:in]; Lazarian, Grégory [Verfasser:in]; Rouyer, Pierre [Verfasser:in]; Chteinberg, Emil [Verfasser:in]; Bernhart, Stephan H. [Verfasser:in]; Tournilhac, Olivier [Verfasser:in]; Gauchotte, Guillaume [Verfasser:in]; Lomazzi, Sandra [Verfasser:in]; Chapiro, Elise [Verfasser:in]; Nguyen-Khac, Florence [Verfasser:in]; Chery, Céline [Verfasser:in]; [...]

    Molecular characterization of Richter syndrome identifies de novo diffuse large B-cell lymphomas with poor prognosis

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    19 January 2023

    Erschienen in: Nature Communications ; 14(2023), Artikel-ID 309, Seite 1-19

  12. Briere, Galadriel [Verfasser:in] ; Bordeaux [Mitwirkende:r]; Thébault, Patricia [Mitwirkende:r]; Nadjar, Agnès [Mitwirkende:r]; Uricaru, Raluca [Mitwirkende:r]

    Développements méthodologiques pour l'intégration de données omiques : applications à l'oncologie et aux neurosciences ; Methodological developments for omic data integration : applications to oncology and neurosciences

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    theses.fr, 2022-11-23

  13. Chuang, Ling [Verfasser:in]; Liu, Shenyu [Verfasser:in]; Biedermann, Dave [Verfasser:in]; Franke, Jakob [Verfasser:in]

    Identification of early quassinoid biosynthesis in the invasive tree of heaven (Ailanthus altissima) confirms evolutionary origin from protolimonoids - [published Version]

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    Lausanne : Frontiers Media, 2022

    Erschienen in: Frontiers in Plant Science 13 (2022) ; Frontiers in Plant Science

  14. Xue, Haoliang [Verfasser:in] ; université Paris-Saclay [Mitwirkende:r]; Gautheret, Daniel [Mitwirkende:r]

    k-mer based analysis for cancer transcriptomics at nucleotide resolution ; Analyse de k-mers pour la transcriptomique du cancer à la résolution du nucléotide

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    theses.fr, 2021-12-13

  15. Kefi, Mary [Verfasser:in]; Charamis, J. [Verfasser:in]; Balabanidou, V. [Verfasser:in]; Ioannidis, P. [Verfasser:in]; Ranson, H. [Verfasser:in]; Ingham, Victoria [Verfasser:in]; Vontas, J. [Verfasser:in]

    Transcriptomic analysis of resistance and short-term induction response to pyrethroids, in Anopheles coluzzii legs

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    13 December 2021

    Erschienen in: BMC genomics ; 22(2021), Artikel-ID 891, Seite 1-17

  16. Büttner, Maren [Verfasser:in] ; Theis, Fabian J. ( ) [Mitwirkende:r]; Theis, Fabian J. ( );Gagneur, Julien ;Kharchenko, Peter V. (Prof., Ph.D.) [Mitwirkende:r]

    Statistical data integration for single-cell RNA-sequencing - batch effect correction and lineage inference ; Statistische Datenintegration für Einzelzell-RNA-Sequenzierung - Batch-Effekt-Korrektur und Abstammungsinferenz

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    Technical University of Munich; Technische Universität München, 2019-08-01

  17. Marchet, Camille [Verfasser:in] ; Rennes 1 [Mitwirkende:r]; Peterlongo, Pierre [Mitwirkende:r]

    Des lectures aux transcrits : méthodes de novo pour l'analyse du séquençage des transcriptomes de deuxième et troisième génération ; From reads to transcripts : de novo methods for the analysis of transcriptome second and third generation sequencing

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    theses.fr, 2018-09-28

  18. Ryan, Patrick T. [Verfasser:in]; Ó'Maoiléidigh, Diarmuid S. [Verfasser:in]; Drost, Hajk-Georg [Verfasser:in]; Kwaśniewska, Kamila [Verfasser:in]; Gabel, Alexander [Verfasser:in]; Große, Ivo [Verfasser:in]; Graciet, Emmanuelle [Verfasser:in]; Quint, Marcel [Verfasser:in]; Wellmer, Frank [Verfasser:in]

    Patterns of gene expression during Arabidopsis flower development from the time of initiation to maturation

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    2015

    Erschienen in: BMC genomics ; 16(2015), Artikel-ID 488, Seite 1-12