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  1. Pugh, Trevor J; Morozova, Olena; Attiyeh, Edward F; Asgharzadeh, Shahab; Wei, Jun S; Auclair, Daniel; Carter, Scott L; Cibulskis, Kristian; Hanna, Megan; Kiezun, Adam; Kim, Jaegil; Lawrence, Michael S; Lichenstein, Lee; McKenna, Aaron; Pedamallu, Chandra Sekhar; Ramos, Alex H; Shefler, Erica; Sivachenko, Andrey; Sougnez, Carrie; Stewart, Chip; Ally, Adrian; Birol, Inanc; Chiu, Readman; Corbett, Richard D; [...]

    The genetic landscape of high-risk neuroblastoma

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    Springer Science and Business Media LLC, 2013

    Erschienen in: Nature Genetics

  2. Wang, Liewei; Scherer, Steven E.; Bielinski, Suzette J.; Muzny, Donna M.; Jones, Leila A.; Black, John Logan; Moyer, Ann M.; Giri, Jyothsna; Sharp, Richard R.; Matey, Eric T.; Wright, Jessica A.; Oyen, Lance J.; Nicholson, Wayne T.; Wiepert, Mathieu; Sullard, Terri; Curry, Timothy B.; Rohrer Vitek, Carolyn R.; McAllister, Tammy M.; St. Sauver, Jennifer L.; Caraballo, Pedro J.; Lazaridis, Konstantinos N.; Venner, Eric; Qin, Xiang; Hu, Jianhong; [...]

    Implementation of preemptive DNA sequence–based pharmacogenomics testing across a large academic medical center: The Mayo-Baylor RIGHT 10K Study

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    Elsevier BV, 2022

    Erschienen in: Genetics in Medicine

  3. Parfenov, Michael; Pedamallu, Chandra Sekhar; Gehlenborg, Nils; Freeman, Samuel S.; Danilova, Ludmila; Bristow, Christopher A.; Lee, Semin; Hadjipanayis, Angela G.; Ivanova, Elena V.; Wilkerson, Matthew D.; Protopopov, Alexei; Yang, Lixing; Seth, Sahil; Song, Xingzhi; Tang, Jiabin; Ren, Xiaojia; Zhang, Jianhua; Pantazi, Angeliki; Santoso, Netty; Xu, Andrew W.; Mahadeshwar, Harshad; Wheeler, David A.; Haddad, Robert I.; Jung, Joonil; [...]

    Characterization of HPV and host genome interactions in primary head and neck cancers

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    Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014

    Erschienen in: Proceedings of the National Academy of Sciences

  4. Thorsson, Vésteinn; Gibbs, David L.; Brown, Scott D.; Wolf, Denise; Bortone, Dante S.; Ou Yang, Tai-Hsien; Porta-Pardo, Eduard; Gao, Galen F.; Plaisier, Christopher L.; Eddy, James A.; Ziv, Elad; Culhane, Aedin C.; Paull, Evan O.; Sivakumar, I.K. Ashok; Gentles, Andrew J.; Malhotra, Raunaq; Farshidfar, Farshad; Colaprico, Antonio; Parker, Joel S.; Mose, Lisle E.; Vo, Nam Sy; Liu, Jianfang; Liu, Yuexin; Rader, Janet; [...]

    The Immune Landscape of Cancer

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    Elsevier BV, 2019

    Erschienen in: Immunity

  5. Ricketts, Christopher J.; De Cubas, Aguirre A.; Fan, Huihui; Smith, Christof C.; Lang, Martin; Reznik, Ed; Bowlby, Reanne; Gibb, Ewan A.; Akbani, Rehan; Beroukhim, Rameen; Bottaro, Donald P.; Choueiri, Toni K.; Gibbs, Richard A.; Godwin, Andrew K.; Haake, Scott; Hakimi, A. Ari; Henske, Elizabeth P.; Hsieh, James J.; Ho, Thai H.; Kanchi, Rupa S.; Krishnan, Bhavani; Kwiatkowski, David J.; Liu, Wenbin; Merino, Maria J.; [...]

    The Cancer Genome Atlas Comprehensive Molecular Characterization of Renal Cell Carcinoma

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell Reports

  6. Ricketts, Christopher J.; De Cubas, Aguirre A.; Fan, Huihui; Smith, Christof C.; Lang, Martin; Reznik, Ed; Bowlby, Reanne; Gibb, Ewan A.; Akbani, Rehan; Beroukhim, Rameen; Bottaro, Donald P.; Choueiri, Toni K.; Gibbs, Richard A.; Godwin, Andrew K.; Haake, Scott; Hakimi, A. Ari; Henske, Elizabeth P.; Hsieh, James J.; Ho, Thai H.; Kanchi, Rupa S.; Krishnan, Bhavani; Kwiatkowski, David J.; Liu, Wenbin; Merino, Maria J.; [...]

    The Cancer Genome Atlas Comprehensive Molecular Characterization of Renal Cell Carcinoma

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell Reports

  7. Hoadley, Katherine A.; Yau, Christina; Hinoue, Toshinori; Wolf, Denise M.; Lazar, Alexander J.; Drill, Esther; Shen, Ronglai; Taylor, Alison M.; Cherniack, Andrew D.; Thorsson, Vésteinn; Akbani, Rehan; Bowlby, Reanne; Wong, Christopher K.; Wiznerowicz, Maciej; Sanchez-Vega, Francisco; Robertson, A. Gordon; Schneider, Barbara G.; Lawrence, Michael S.; Noushmehr, Houtan; Malta, Tathiane M.; Stuart, Joshua M.; Benz, Christopher C.; Laird, Peter W.; Caesar-Johnson, Samantha J.; [...]

    Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell

  8. Liu, Yang; Sethi, Nilay S.; Hinoue, Toshinori; Schneider, Barbara G.; Cherniack, Andrew D.; Sanchez-Vega, Francisco; Seoane, Jose A.; Farshidfar, Farshad; Bowlby, Reanne; Islam, Mirazul; Kim, Jaegil; Chatila, Walid; Akbani, Rehan; Kanchi, Rupa S.; Rabkin, Charles S.; Willis, Joseph E.; Wang, Kenneth K.; McCall, Shannon J.; Mishra, Lopa; Ojesina, Akinyemi I.; Bullman, Susan; Pedamallu, Chandra Sekhar; Lazar, Alexander J.; Sakai, Ryo; [...]

    Comparative Molecular Analysis of Gastrointestinal Adenocarcinomas

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cancer Cell

  9. Kahles, André; Lehmann, Kjong-Van; Toussaint, Nora C.; Hüser, Matthias; Stark, Stefan G.; Sachsenberg, Timo; Stegle, Oliver; Kohlbacher, Oliver; Sander, Chris; Rätsch, Gunnar; Caesar-Johnson, Samantha J.; Demchok, John A.; Felau, Ina; Kasapi, Melpomeni; Ferguson, Martin L.; Hutter, Carolyn M.; Sofia, Heidi J.; Tarnuzzer, Roy; Wang, Zhining; Yang, Liming; Zenklusen, Jean C.; Zhang, Jiashan (Julia); Chudamani, Sudha; Liu, Jia; [...]

    Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cancer Cell

  10. Bailey, Matthew H.; Tokheim, Collin; Porta-Pardo, Eduard; Sengupta, Sohini; Bertrand, Denis; Weerasinghe, Amila; Colaprico, Antonio; Wendl, Michael C.; Kim, Jaegil; Reardon, Brendan; Ng, Patrick Kwok-Shing; Jeong, Kang Jin; Cao, Song; Wang, Zixing; Gao, Jianjiong; Gao, Qingsong; Wang, Fang; Liu, Eric Minwei; Mularoni, Loris; Rubio-Perez, Carlota; Nagarajan, Niranjan; Cortés-Ciriano, Isidro; Zhou, Daniel Cui; Liang, Wen-Wei; [...]

    Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell

  11. Bailey, Matthew H.; Tokheim, Collin; Porta-Pardo, Eduard; Sengupta, Sohini; Bertrand, Denis; Weerasinghe, Amila; Colaprico, Antonio; Wendl, Michael C.; Kim, Jaegil; Reardon, Brendan; Kwok-Shing Ng, Patrick; Jeong, Kang Jin; Cao, Song; Wang, Zixing; Gao, Jianjiong; Gao, Qingsong; Wang, Fang; Liu, Eric Minwei; Mularoni, Loris; Rubio-Perez, Carlota; Nagarajan, Niranjan; Cortés-Ciriano, Isidro; Zhou, Daniel Cui; Liang, Wen-Wei; [...]

    Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell

  12. Wang, Yumeng; Xu, Xiaoyan; Maglic, Dejan; Dill, Michael T.; Mojumdar, Kamalika; Ng, Patrick Kwok-Shing; Jeong, Kang Jin; Tsang, Yiu Huen; Moreno, Daniela; Bhavana, Venkata Hemanjani; Peng, Xinxin; Ge, Zhongqi; Chen, Hu; Li, Jun; Chen, Zhongyuan; Zhang, Huiwen; Han, Leng; Du, Di; Creighton, Chad J.; Mills, Gordon B.; Camargo, Fernando; Liang, Han; Caesar-Johnson, Samantha J.; Demchok, John A.; [...]

    Comprehensive Molecular Characterization of the Hippo Signaling Pathway in Cancer

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell Reports

  13. Berger, Ashton C.; Korkut, Anil; Kanchi, Rupa S.; Hegde, Apurva M.; Lenoir, Walter; Liu, Wenbin; Liu, Yuexin; Fan, Huihui; Shen, Hui; Ravikumar, Visweswaran; Rao, Arvind; Schultz, Andre; Li, Xubin; Sumazin, Pavel; Williams, Cecilia; Mestdagh, Pieter; Gunaratne, Preethi H.; Yau, Christina; Bowlby, Reanne; Robertson, A. Gordon; Tiezzi, Daniel G.; Wang, Chen; Cherniack, Andrew D.; Godwin, Andrew K.; [...]

    A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cancer Cell

  14. Gao, Qingsong; Liang, Wen-Wei; Foltz, Steven M.; Mutharasu, Gnanavel; Jayasinghe, Reyka G.; Cao, Song; Liao, Wen-Wei; Reynolds, Sheila M.; Wyczalkowski, Matthew A.; Yao, Lijun; Yu, Lihua; Sun, Sam Q.; Chen, Ken; Lazar, Alexander J.; Fields, Ryan C.; Wendl, Michael C.; Van Tine, Brian A.; Vij, Ravi; Chen, Feng; Nykter, Matti; Shmulevich, Ilya; Ding, Li; Caesar-Johnson, Samantha J.; Demchok, John A.; [...]

    Driver Fusions and Their Implications in the Development and Treatment of Human Cancers

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell Reports

  15. Taylor, Alison M.; Shih, Juliann; Ha, Gavin; Gao, Galen F.; Zhang, Xiaoyang; Berger, Ashton C.; Schumacher, Steven E.; Wang, Chen; Hu, Hai; Liu, Jianfang; Lazar, Alexander J.; Cherniack, Andrew D.; Beroukhim, Rameen; Meyerson, Matthew; Caesar-Johnson, Samantha J.; Demchok, John A.; Felau, Ina; Kasapi, Melpomeni; Ferguson, Martin L.; Hutter, Carolyn M.; Sofia, Heidi J.; Tarnuzzer, Roy; Wang, Zhining; Yang, Liming; [...]

    Genomic and Functional Approaches to Understanding Cancer Aneuploidy

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cancer Cell

  16. Knijnenburg, Theo A.; Wang, Linghua; Zimmermann, Michael T.; Chambwe, Nyasha; Gao, Galen F.; Cherniack, Andrew D.; Fan, Huihui; Shen, Hui; Way, Gregory P.; Greene, Casey S.; Liu, Yuexin; Akbani, Rehan; Feng, Bin; Donehower, Lawrence A.; Miller, Chase; Shen, Yang; Karimi, Mostafa; Chen, Haoran; Kim, Pora; Jia, Peilin; Shinbrot, Eve; Zhang, Shaojun; Liu, Jianfang; Hu, Hai; [...]

    Genomic and Molecular Landscape of DNA Damage Repair Deficiency across The Cancer Genome Atlas

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  17. Campbell, Joshua D.; Yau, Christina; Bowlby, Reanne; Liu, Yuexin; Brennan, Kevin; Fan, Huihui; Taylor, Alison M.; Wang, Chen; Walter, Vonn; Akbani, Rehan; Byers, Lauren Averett; Creighton, Chad J.; Coarfa, Cristian; Shih, Juliann; Cherniack, Andrew D.; Gevaert, Olivier; Prunello, Marcos; Shen, Hui; Anur, Pavana; Chen, Jianhong; Cheng, Hui; Hayes, D. Neil; Bullman, Susan; Pedamallu, Chandra Sekhar; [...]

    Genomic, Pathway Network, and Immunologic Features Distinguishing Squamous Carcinomas

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    Erschienen in: Cell Reports

  18. Thorsson, Vésteinn; Gibbs, David L.; Brown, Scott D.; Wolf, Denise; Bortone, Dante S.; Ou Yang, Tai-Hsien; Porta-Pardo, Eduard; Gao, Galen F.; Plaisier, Christopher L.; Eddy, James A.; Ziv, Elad; Culhane, Aedin C.; Paull, Evan O.; Sivakumar, I.K. Ashok; Gentles, Andrew J.; Malhotra, Raunaq; Farshidfar, Farshad; Colaprico, Antonio; Parker, Joel S.; Mose, Lisle E.; Vo, Nam Sy; Liu, Jianfang; Liu, Yuexin; Rader, Janet; [...]

    The Immune Landscape of Cancer

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  19. Ge, Zhongqi; Leighton, Jake S.; Wang, Yumeng; Peng, Xinxin; Chen, Zhongyuan; Chen, Hu; Sun, Yutong; Yao, Fan; Li, Jun; Zhang, Huiwen; Liu, Jianfang; Shriver, Craig D.; Hu, Hai; Piwnica-Worms, Helen; Ma, Li; Liang, Han; Caesar-Johnson, Samantha J.; Demchok, John A.; Felau, Ina; Kasapi, Melpomeni; Ferguson, Martin L.; Hutter, Carolyn M.; Sofia, Heidi J.; Tarnuzzer, Roy; [...]

    Integrated Genomic Analysis of the Ubiquitin Pathway across Cancer Types

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    Erschienen in: Cell Reports

  20. Liu, Jianfang; Lichtenberg, Tara; Hoadley, Katherine A.; Poisson, Laila M.; Lazar, Alexander J.; Cherniack, Andrew D.; Kovatich, Albert J.; Benz, Christopher C.; Levine, Douglas A.; Lee, Adrian V.; Omberg, Larsson; Wolf, Denise M.; Shriver, Craig D.; Thorsson, Vesteinn; Hu, Hai; Caesar-Johnson, Samantha J.; Demchok, John A.; Felau, Ina; Kasapi, Melpomeni; Ferguson, Martin L.; Hutter, Carolyn M.; Sofia, Heidi J.; Tarnuzzer, Roy; Wang, Zhining; [...]

    An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Cell