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Tiskin, Alexander [VerfasserIn] ; Alexander Tiskin [MitwirkendeR]

Bounded-Length Smith-Waterman Alignment

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Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik, 2019
Brinkerhoff, Henry; Ross, Brian; Derrington, Ian M.; Laszlo, Andrew H.; Gundlach, Jens H.

Real Valued Sequence Alignment using Adapted Smith Waterman Algorithms

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Elsevier BV, 2014

Erschienen in: Biophysical Journal
Mun, Won-Ho; Choi, Yeon-Seok; Lee, Sang-Geol; Cha, Eui-Young

Online Handwritten Digit Recognition by Smith-Waterman Alignment

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Korean Society of Computer Information, 2011

Erschienen in: Journal of the Korea Society of Computer and Information
Topham, Christopher M.; Rouquier, Mickaël; Tarrat, Nathalie; André, Isabelle

Adaptive Smith-Waterman residue match seeding for protein structural alignment : Protein Structural Alignment : Protein Structural Alignment

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Wiley, 2013

Erschienen in: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
Yaish, Ofir; Malle, Amichai; Cohen, Eliav; Orenstein, Yaron

SWOffinder: Efficient and versatile search of CRISPR off-targets with bulges by Smith-Waterman alignment

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Elsevier BV, 2024

Erschienen in: iScience
Petti, Samantha; Bhattacharya, Nicholas; Rao, Roshan; Dauparas, Justas; Thomas, Neil; Zhou, Juannan; Rush, Alexander M; Koo, Peter; Ovchinnikov, Sergey

End-to-end learning of multiple sequence alignments with differentiable Smith–Waterman

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Oxford University Press (OUP), 2023

Erschienen in: Bioinformatics
Kaur, Karamjeet; Chakraborty, Sudeshna; Kumar Gupta, Manoj

Accelerating Smith-Waterman Algorithm for Faster Sequence Alignment using Graphical Processing Unit

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IOP Publishing, 2022

Erschienen in: Journal of Physics: Conference Series
Al Junid, Syed Abdul Mutalib

Performance Evaluation of Local DNA Sequence Alignment Smith-Waterman Algorithm Software Version Cell Design on FPGA

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UK Simulation Society, 2020

Erschienen in: International Journal of Simulation: Systems, Science & Technology
Fei, Xia; Dan, Zou; Lina, Lu; Xin, Man; Chunlei, Zhang

FPGASW: Accelerating Large-Scale Smith–Waterman Sequence Alignment Application with Backtracking on FPGA Linear Systolic Array

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Springer Science and Business Media LLC, 2018

Erschienen in: Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences
Palkowski, Marek; Bielecki, Wlodzimierz

Parallel Tiled Codes Implementing the Smith–Waterman Alignment Algorithm for Two and Three Sequences

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Mary Ann Liebert Inc, 2018

Erschienen in: Journal of Computational Biology
Feng, Xiaowen; Jin, Hai; Zheng, Ran; Zhu, Lei; Dai, Weiqi

Accelerating Smith-Waterman Alignment of Species-Based Protein Sequences on GPU

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Springer Science and Business Media LLC, 2015

Erschienen in: International Journal of Parallel Programming
de O. Sandes, Edans Flavius; de Melo, Alba Cristina M.A.

Retrieving Smith-Waterman Alignments with Optimizations for Megabase Biological Sequences Using GPU

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Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE), 2013

Erschienen in: IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems
Kim, Seongho; Koo, Imhoi; Fang, Aiqin; Zhang, Xiang

Smith-Waterman peak alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography-mass spectrometry

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Springer Science and Business Media LLC, 2011

Erschienen in: BMC Bioinformatics
Manavski, Svetlin A; Valle, Giorgio

CUDA compatible GPU cards as efficient hardware accelerators for Smith-Waterman sequence alignment

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Springer Science and Business Media LLC, 2008

Erschienen in: BMC Bioinformatics
Comet, J.P; Aude, J.C; Glémet, E; Risler, J.L; Hénaut, A; Slonimski, P.P; Codani, J.J

Significance of Z-value statistics of Smith–Waterman scores for protein alignments

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Elsevier BV, 1999

Erschienen in: Computers & Chemistry
Muhamad, F. N.; Ahmad, R. B.; Mohd. Asi, S.; Murad, M. N.

REDUCING THE SEARCH SPACE AND TIME COMPLEXITY OF NEEDLEMAN-WUNSCH ALGORITHM (GLOBAL ALIGNMENT) AND SMITH-WATERMAN ALGORITHM (LOCAL ALIGNMENT) FOR DNA SEQUENCE ALIGNMENT

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Penerbit UTM Press, 2015

Erschienen in: Jurnal Teknologi
Rucci, Enzo; Garcia, Carlos; Botella, Guillermo; De Giusti, Armando; Naiouf, Marcelo; Prieto-Matias, Manuel

Bioinformatics and Biomedical Engineering: Accelerating Smith-Waterman Alignment of Long DNA Sequences with OpenCL on FPGA

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Springer International Publishing, 2017

Erschienen in: Bioinformatics and Biomedical Engineering
Liu, Yu; Hong, Yang; Lin, Chun-Yuan; Hung, Che-Lun

Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System

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Hindawi Limited, 2015

Erschienen in: International Journal of Genomics
Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil

Parallel Processing and Applied Mathematics: Faster GPU-Accelerated Smith-Waterman Algorithm with Alignment Backtracking for Short DNA Sequences

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Springer Berlin Heidelberg, 2014

Erschienen in: Parallel Processing and Applied Mathematics
Muhamad, FN; Ahmad, RB; Asi, SM; Murad, MN

Performance Analysis Of Needleman-Wunsch Algorithm (Global) And Smith-Waterman Algorithm (Local) In Reducing Search Space And Time For Dna Sequence Alignment

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IOP Publishing, 2018

Erschienen in: Journal of Physics: Conference Series

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