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  3. Li, Ronghui [VerfasserIn] ; Zimmer, Geraldine [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]

    Detection of cell markers from single cell RNA-seq with sc2marker

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  4. Hadizadeh Esfahani, Ali [VerfasserIn] ; Schuppert, Andreas [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]

    A generic knowledge-driven dimensionality reduction tool for stress response modeling in living systems

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2021

    Erschienen in: Aachen : RWTH Aachen University, 2021

  5. Zhang, Xiaoting [VerfasserIn] ; Kramann, Rafael [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]

    Incorporating single molecule in situ hybridization approach to single cell sequencing workflows

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  6. Li, Ronghui [VerfasserIn] ; Zimmer, Geraldine [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]

    Detection of cell markers from single cell RNA-seq with sc2marker

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

    Erschienen in: Aachen ; RWTH Aachen University, 2022

  7. Hadizadeh Esfahani, Ali [VerfasserIn] ; Schuppert, Andreas [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]

    A generic knowledge-driven dimensionality reduction tool for stress response modeling in living systems

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2021

    Erschienen in: Aachen ; RWTH Aachen University, 2021

  8. Zhang, Xiaoting [VerfasserIn] ; Kramann, Rafael [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]

    Incorporating single molecule in situ hybridization approach to single cell sequencing workflows

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  9. Li, Zhijian [VerfasserIn] ; Berlage, Thomas [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]; Schaub, Michael Thomas [AkademischeR BetreuerIn]

    Computational method for single cell ATAC-seq imputation and dimensionality reduction

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  10. Kuo, Chao-Chung [VerfasserIn] ; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]; Zenke, Martin [AkademischeR BetreuerIn]; Usadel, Björn [AkademischeR BetreuerIn]

    Computational detection of triple helix binding domains in long non-coding RNAs

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2019

  11. Li, Zhijian [VerfasserIn] ; Berlage, Thomas [AkademischeR BetreuerIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [AkademischeR BetreuerIn]; Schaub, Michael Thomas [AkademischeR BetreuerIn]

    Computational method for single cell ATAC-seq imputation and dimensionality reduction

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  12. Maie, Tiago [VerfasserIn]; Schmidt, Marco [VerfasserIn]; Erz, Myriam [VerfasserIn]; Wagner, Wolfgang [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]

    CimpleG: Finding simple CpG methylation signatures

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  13. Li, Zhijian [VerfasserIn]; Nagai, James [VerfasserIn]; Kuppe, Christoph [VerfasserIn]; Kramann, Rafael [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]

    scMEGA : Single-cell Multiomic Enhancer-based Gene Regulatory Network Inference

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  14. Li, Zhijian [VerfasserIn]; Kuppe, Christoph [VerfasserIn]; Cheng, Mingbo [VerfasserIn]; Menzel, Sylvia [VerfasserIn]; Zenke, Martin [VerfasserIn]; Kramann, Rafael [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]

    scOpen : chromatin-accessibility estimation of single-cell ATAC data

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2019

  15. Joodaki, Mehdi [VerfasserIn]; Shaigan, Mina [VerfasserIn]; Parra, Victor [VerfasserIn]; Bülow, Roman D. [VerfasserIn]; Kuppe, Christoph [VerfasserIn]; Hölscher, David L. [VerfasserIn]; Cheng, Mingbo [VerfasserIn]; Nagai, James S. [VerfasserIn]; Bouteldja, Nassim [VerfasserIn]; Tesar, Vladimir [VerfasserIn]; Barratt, Jonathan [VerfasserIn]; Roberts, Ian S. D. [VerfasserIn]; Coppo, Rosanna [VerfasserIn]; Kramann, Rafael [VerfasserIn]; Boor, Peter [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]

    Detection of PatIent-Level distances from single cell genomics and pathomics data with Optimal Transport (PILOT)

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  16. Xu, Huaming [VerfasserIn]; Li, Zhijian [VerfasserIn]; Kuo, Chao-Chung [VerfasserIn]; Götz, Katrin [VerfasserIn]; Look, Thomas [VerfasserIn]; Szymanski de Toledo, Marcelo Augusto [VerfasserIn]; Seré, Kristin [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]; Zenke, Martin [VerfasserIn]

    A lncRNA identifies IRF8 enhancer element in negative feedback control of dendritic cell differentiation

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  17. Barsoum, Mirna [VerfasserIn]; Stenzel, Alexander T. [VerfasserIn]; Bochynska, Agnieszka [VerfasserIn]; Kuo, Chao-Chung [VerfasserIn]; Sayadi-Boroujeni, Roksaneh [VerfasserIn]; Bussmann, Philip [VerfasserIn]; Lüscher-Firzlaff, Juliane [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]; Lüscher, Bernhard [VerfasserIn]

    Loss of the Ash2l subunit of histone H3K4 methyltransferase complexes promotes chromatin compaction at promoters

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  18. Torow, Natalia [VerfasserIn]; Li, Ronghui [VerfasserIn]; Hitch, Thomas [VerfasserIn]; Mingels, Clemens [VerfasserIn]; Al Bounny, Shahed [VerfasserIn]; van Best, Niels [VerfasserIn]; Stange, Eva-Lena [VerfasserIn]; Benabid, Adam [VerfasserIn]; Ruettger, Lennart [VerfasserIn]; Gadermayr, Michael [VerfasserIn]; Runge, S. [VerfasserIn]; Treichel, N. [VerfasserIn]; Merhof, D. [VerfasserIn]; Rosshart, S. [VerfasserIn]; Jehmlich, N. [VerfasserIn]; von Bergen, M. [VerfasserIn]; Heymann, F. [VerfasserIn]; Clavel, T. [VerfasserIn]; Tacke, F. [VerfasserIn]; Lelouard, H. [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]; Hornef, M. W. [VerfasserIn]

    Neonatal Peyer's patch cDC activation as a pacemaker of postnatal immune maturation

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    Aachen: Universitätsbibliothek der RWTH Aachen, 2022

  19. Boor, Peter [VerfasserIn]; Hölscher, David L. [VerfasserIn]; Bouteldja, Nassim [VerfasserIn]; Joodaki, Mehdi [VerfasserIn]; Russo, Maria [VerfasserIn]; Lan, Yu-Chia [VerfasserIn]; Sadr, Alireza [VerfasserIn]; Cheng, Mingbo [VerfasserIn]; Tesar, Vladimir [VerfasserIn]; von Stillfried, Saskia [VerfasserIn]; Klinkhammer, Barbara Mara [VerfasserIn]; Barratt, Jonathan [VerfasserIn]; Flöge, Jürgen [VerfasserIn]; Roberts, Ian [VerfasserIn]; Coppo, Rosanna [VerfasserIn]; Costa Filho, Ivan Gesteira [VerfasserIn]; Bülow, Roman D. [VerfasserIn]

    Next-Generation Morphometry for pathomics-data mining in histopathology

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