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  1. Dugourd, Aurélien [Verfasser:in] ; Sáez Rodríguez, Julio [Akademische:r Betreuer:in]

    Bridging the gap between signalling and metabolism through functional and mechanistic analysis of multi-omic data

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    Heidelberg, 06 Apr. 2022

  2. Fuchs, Stijn [Verfasser:in]; Stalmann, Ursula S. A. [Verfasser:in]; Snoeren, Inge A. M. [Verfasser:in]; Bindels, Eric [Verfasser:in]; Schmitz, Stephani [Verfasser:in]; Banjanin, Bella [Verfasser:in]; Hoogenboezem, Remco M. [Verfasser:in]; van Herk, Stanley [Verfasser:in]; Saad, Mohamed [Verfasser:in]; Walter, Wencke [Verfasser:in]; Haferlach, Torsten [Verfasser:in]; Seillier, Lancelot [Verfasser:in]; Sáez Rodríguez, Julio [Verfasser:in]; Dugourd, Aurélien [Verfasser:in]; Lehmann, Kjong-Van [Verfasser:in]; Ben-Neriah, Yinon [Verfasser:in]; Gleitz, Hélène F. E. [Verfasser:in]; Schneider, Rebekka K. [Verfasser:in]

    Collaborative effect of Csnk1a1 haploinsufficiency and mutant p53 in Myc induction can promote leukemic transformation

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    February 13 2024

    Erschienen in: Blood advances ; 8(2024), 3, Seite 766-779

  3. Niarakis, Anna [Verfasser:in]; Ostaszewski, Marek [Verfasser:in]; Mazein, Alexander [Verfasser:in]; Kuperstein, Inna [Verfasser:in]; Kutmon, Martina [Verfasser:in]; Gillespie, Marc E. [Verfasser:in]; Funahashi, Akira [Verfasser:in]; Acencio, Marcio Luis [Verfasser:in]; Hemedan, Ahmed [Verfasser:in]; Aichem, Michael [Verfasser:in]; Klein, Karsten [Verfasser:in]; Czauderna, Tobias [Verfasser:in]; Burtscher, Felicia [Verfasser:in]; Yamada, Takahiro G. [Verfasser:in]; Hiki, Yusuke [Verfasser:in]; Hiroi, Noriko F. [Verfasser:in]; Hu, Finterly [Verfasser:in]; Pham, Nhung [Verfasser:in]; Ehrhart, Friederike [Verfasser:in]; Willighagen, Egon L. [Verfasser:in]; Valdeolivas, Alberto [Verfasser:in]; Dugourd, Aurélien [Verfasser:in]; Messina, Francesco [Verfasser:in]; Esteban-Medina, Marina [Verfasser:in]; [...]

    Drug-target identification in COVID-19 disease mechanisms using computational systems biology approaches

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    13 February 2024

    Erschienen in: Frontiers in immunology ; 14(2024), Artikel-ID 1282859, Seite 1-24

  4. Dugourd, Aurélien [Verfasser:in]; Gjerga, Enio [Verfasser:in]; Gabor, Attila [Verfasser:in]; Sáez Rodríguez, Julio [Verfasser:in]; Kuppe, Christoph [Verfasser:in]; Sciacovelli, Marco [Verfasser:in]; Emdal, Kristina B. [Verfasser:in]; Vieira, Vitor [Verfasser:in]; Bekker-Jensen, Dorte B. [Verfasser:in]; Kranz, Jennifer [Verfasser:in]; Bindels, Eric M. J. [Verfasser:in]; Costa, Ana S. H. [Verfasser:in]; Sousa, Abel [Verfasser:in]; Beltrao, Pedro [Verfasser:in]; Rocha, Miguel [Verfasser:in]; Olsen, Jesper V. [Verfasser:in]; Frezza, Christian [Verfasser:in]; Kramann, Rafael [Verfasser:in]

    Causal integration of multi-omics data with prior knowledge to generate mechanistic hypotheses

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    27 January 2021

    Erschienen in: Molecular systems biology ; 17(2021), 1, Artikel-ID e9730, Seite 1-17

  5. Dimitrov, Daniel [Verfasser:in]; Türei, Dénes [Verfasser:in]; Garrido-Rodriguez, Martin [Verfasser:in]; Burmedi, Paul L. [Verfasser:in]; Nagai, James S. [Verfasser:in]; Boys, Charlotte [Verfasser:in]; Ramirez Flores, Ricardo O. [Verfasser:in]; Kim, Hyojin [Verfasser:in]; Szalai, Bence [Verfasser:in]; Costa, Ivan G. [Verfasser:in]; Valdeolivas, Alberto [Verfasser:in]; Dugourd, Aurélien [Verfasser:in]; Sáez Rodríguez, Julio [Verfasser:in]

    Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data

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    09 June 2022

    Erschienen in: Nature Communications ; 13(2022), Artikel-ID 3224, Seite 1-13

  6. Gegner, Hagen M. [Verfasser:in]; Naake, Thomas [Verfasser:in]; Dugourd, Aurélien [Verfasser:in]; Müller, Torsten [Verfasser:in]; Czernilofsky, Felix [Verfasser:in]; Kliewer, Georg [Verfasser:in]; Jäger, Evelyn [Verfasser:in]; Helm, Barbara [Verfasser:in]; Kunze-Rohrbach, Nina [Verfasser:in]; Klingmüller, Ursula [Verfasser:in]; Hopf, Carsten [Verfasser:in]; Müller-Tidow, Carsten [Verfasser:in]; Dietrich, Sascha [Verfasser:in]; Sáez Rodríguez, Julio [Verfasser:in]; Huber, Wolfgang [Verfasser:in]; Hell, Rüdiger [Verfasser:in]; Poschet, Gernot [Verfasser:in]; Krijgsveld, Jeroen [Verfasser:in]

    Pre-analytical processing of plasma and serum samples for combined proteome and metabolome analysis

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    20 December 2022

    Erschienen in: Frontiers in molecular biosciences ; 9(2022), Artikel-ID 961448, Seite 1-13

  7. Dugourd, Aurélien [Verfasser:in] ; Sáez Rodríguez, Julio [Akademische:r Betreuer:in]

    Bridging the gap between signalling and metabolism through functional and mechanistic analysis of multi-omic data

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    Heidelberg: Universitätsbibliothek Heidelberg, 2022

  9. Stoll, Gautier; Caron, Barthélémy; Viara, Eric; Dugourd, Aurélien; Zinovyev, Andrei; Naldi, Aurélien; Kroemer, Guido; Barillot, Emmanuel; Calzone, Laurence

    MaBoSS 2.0: an environment for stochastic Boolean modeling

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    Oxford University Press (OUP), 2017

    Erschienen in: Bioinformatics, 33 (2017) 14, Seite 2226-2228

  11. Sousa, Abel; Dugourd, Aurelien; Memon, Danish; Petursson, Borgthor; Petsalaki, Evangelia; Saez‐Rodriguez, Julio; Beltrao, Pedro

    Pan‐Cancer landscape of protein activities identifies drivers of signalling dysregulation and patient survival

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: Molecular Systems Biology, 19 (2023) 3

  15. Gjerga, Enio; Trairatphisan, Panuwat; Gabor, Attila; Koch, Hermann; Chevalier, Celine; Ceccarelli, Franceco; Dugourd, Aurelien; Mitsos, Alexander; Saez-Rodriguez, Julio

    Converting networks to predictive logic models from perturbation signalling data with CellNOpt

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    Oxford University Press (OUP), 2020

    Erschienen in: Bioinformatics, 36 (2020) 16, Seite 4523-4524

  16. Salovska, Barbora; Gao, Erli; Müller‐Dott, Sophia; Li, Wenxue; Cordon, Carlos Chacon; Wang, Shisheng; Dugourd, Aurelien; Rosenberger, George; Saez‐Rodriguez, Julio; Liu, Yansheng

    Phosphoproteomic analysis of metformin signaling in colorectal cancer cells elucidates mechanism of action and potential therapeutic opportunities

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    Wiley, 2023

    Erschienen in: Clinical and Translational Medicine, 13 (2023) 2

  17. Petkevicius, Kasparas; Bidault, Guillaume; Virtue, Sam; Newland, Stephen A.; Dale, Martin; Dugourd, Aurelien; Saez-Rodriguez, Julio; Mallat, Ziad; Vidal-Puig, Antonio

    Macrophage beta2-adrenergic receptor is dispensable for the adipose tissue inflammation and function

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    Elsevier BV, 2021

    Erschienen in: Molecular Metabolism, 48 (2021), Seite 101220

  18. Petkevicius, Kasparas; Bidault, Guillaume; Virtue, Sam; Jenkins, Benjamin; Dierendonck, Xanthe A. M. H.; Dugourd, Aurelien; Saez‐Rodriguez, Julio; Stienstra, Rinke; Koulman, Albert; Vidal‐Puig, Antonio

    Norepinephrine promotes triglyceride storage in macrophages via beta2‐adrenergic receptor activation

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    Wiley, 2021

    Erschienen in: The FASEB Journal, 35 (2021) 2

  20. Gaude, Edoardo; Schmidt, Christina; Gammage, Payam A.; Dugourd, Aurelien; Blacker, Thomas; Chew, Sew Peak; Saez-Rodriguez, Julio; O’Neill, John S.; Szabadkai, Gyorgy; Minczuk, Michal; Frezza, Christian

    NADH Shuttling Couples Cytosolic Reductive Carboxylation of Glutamine with Glycolysis in Cells with Mitochondrial Dysfunction

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    Elsevier BV, 2018

    Erschienen in: Molecular Cell, 69 (2018) 4, Seite 581-593.e7