Zum Inhalt springen

  1. Mehta, Subina [VerfasserIn]; Carvalho, Valdemir M. [VerfasserIn]; Rajczewski, Andrew T. [VerfasserIn]; Pible, Olivier [VerfasserIn]; Grüning, Björn [VerfasserIn]; Johnson, James E. [VerfasserIn]; Wagner, Reid [VerfasserIn]; Armengaud, Jean [VerfasserIn]; Griffin, Timothy J. [VerfasserIn]; Jagtap, Pratik D. [VerfasserIn]

    Catching the wave: detecting strain-specific SARS-CoV-2 peptides in clinical samples collected during infection waves from diverse geographical locations

    Bücher
    Online ansehen
    Schließen
    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Basel: MDPI AG, 2022

    Erschienen in: Viruses ; 14, 10 (2022), 2205

  2. Van Den Bossche, Tim [VerfasserIn]; Arntzen, Magnus Ø. [VerfasserIn]; Becher, Dörte [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Eijsink, Vincent G. H. [VerfasserIn]; Henry, Céline [VerfasserIn]; Jagtap, Pratik D. [VerfasserIn]; Jehmlich, Nico [VerfasserIn]; Juste, Catherine [VerfasserIn]; Kunath, Benoit J. [VerfasserIn]; Mesuere, Bart [VerfasserIn]; Muth, Thilo [VerfasserIn]; Pope, Phillip B. [VerfasserIn]; Seifert, Jana [VerfasserIn]; Tanca, Alessandro [VerfasserIn]; Uzzau, Sergio [VerfasserIn]; Wilmes, Paul [VerfasserIn]; Hettich, Robert L. [VerfasserIn]; Armengaud, Jean [VerfasserIn]

    The Metaproteomics Initiative : a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen
    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    20 December 2021

    Erschienen in: Microbiome ; 9(2021), Artikel-ID 243

  4. Hubler, Shane L.; Kumar, Praveen; Mehta, Subina; Easterly, Caleb; Johnson, James E.; Jagtap, Pratik D.; Griffin, Timothy J.

    Challenges in Peptide-Spectrum Matching: A Robust and Reproducible Statistical Framework for Removing Low-Accuracy, High-Scoring Hits

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    American Chemical Society (ACS), 2020

    Erschienen in: Journal of Proteome Research

  6. Kumar, Praveen; Johnson, James E.; Easterly, Caleb; Mehta, Subina; Sajulga, Ray; Nunn, Brook; Jagtap, Pratik D.; Griffin, Timothy J.

    A Sectioning and Database Enrichment Approach for Improved Peptide Spectrum Matching in Large, Genome-Guided Protein Sequence Databases

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    American Chemical Society (ACS), 2020

    Erschienen in: Journal of Proteome Research

  8. Kooren, Joel A; Rhodus, Nelson L; Tang, Chuanning; Jagtap, Pratik D; Horrigan, Bryan J; Griffin, Timothy J

    Evaluating the potential of a novel oral lesion exudate collection method coupled with mass spectrometry-based proteomics for oral cancer biomarker discovery

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Springer Science and Business Media LLC, 2011

    Erschienen in: Clinical Proteomics

  10. Jagtap, Pratik D.; Viken, Kevin J.; Johnson, James; McGowan, Thomas; Pendleton, Kathryn M.; Griffin, Timothy J.; Hunter, Ryan C.; Rudney, Joel D.; Bhargava, Maneesh

    BAL Fluid Metaproteome in Acute Respiratory Failure

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    American Thoracic Society, 2018

    Erschienen in: American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology

  11. Afiuni-Zadeh, Somaieh; Boylan, Kristin L. M.; Jagtap, Pratik D.; Griffin, Timothy J.; Rudney, Joel D.; Peterson, Marnie L.; Skubitz, Amy P. N.

    Evaluating the potential of residual Pap test fluid as a resource for the metaproteomic analysis of the cervical-vaginal microbiome

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Springer Science and Business Media LLC, 2018

    Erschienen in: Scientific Reports

  13. Boekel, Jorrit; Chilton, John M; Cooke, Ira R; Horvatovich, Peter L; Jagtap, Pratik D; Käll, Lukas; Lehtiö, Janne; Lukasse, Pieter; Moerland, Perry D; Griffin, Timothy J

    Multi-omic data analysis using Galaxy

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Springer Science and Business Media LLC, 2015

    Erschienen in: Nature Biotechnology

  14. Rudney, Joel D.; Jagtap, Pratik D.; Reilly, Cavan S.; Chen, Ruoqiong; Markowski, Todd W.; Higgins, LeeAnn; Johnson, James E.; Griffin, Timothy J.

    Protein relative abundance patterns associated with sucrose-induced dysbiosis are conserved across taxonomically diverse oral microcosm biofilm models of dental caries

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Springer Science and Business Media LLC, 2015

    Erschienen in: Microbiome

  15. Jagtap, Pratik D.; Hoopmann, Michael R.; Neely, Benjamin A.; Harvey, Antony; Käll, Lukas; Perez-Riverol, Yasset; Abajorga, Milky K.; Thomas, Julie A.; Weintraub, Susan T.; Palmblad, Magnus

    The Association of Biomolecular Resource Facilities Proteome Informatics Research Group Study on Metaproteomics (iPRG-2020)

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Association of Biomolecular Resource Facilities, 2023

    Erschienen in: Journal of Biomolecular Techniques : JBT

  16. Bihani, Surbhi; Gupta, Aryan; Mehta, Subina; Rajczewski, Andrew T.; Johnson, James; Borishetty, Dhanush; Griffin, Timothy J.; Srivastava, Sanjeeva; Jagtap, Pratik D.

    Metaproteomic Analysis of Nasopharyngeal Swab Samples to Identify Microbial Peptides in COVID-19 Patients

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    American Chemical Society (ACS), 2023

    Erschienen in: Journal of Proteome Research

  17. Weise, Danielle O.; Kruk, Monica E.; Higgins, LeeAnn; Markowski, Todd W.; Jagtap, Pratik D.; Mehta, Subina; Mickelson, Alan; Parker, Laurie L.; Wendt, Christine H.; Griffin, Timothy J.

    An optimized workflow for MS-based quantitative proteomics of challenging clinical bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: Clinical Proteomics

  18. Rajczewski, Andrew T.; Han, Qiyuan; Mehta, Subina; Kumar, Praveen; Jagtap, Pratik D.; Knutson, Charles G.; Fox, James G.; Tretyakova, Natalia Y.; Griffin, Timothy J.

    Quantitative Proteogenomic Characterization of Inflamed Murine Colon Tissue Using an Integrated Discovery, Verification, and Validation Proteogenomic Workflow

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    MDPI AG, 2022

    Erschienen in: Proteomes

  19. Thuy-Boun, Peter S.; Mehta, Subina; Gruening, Bjoern; McGowan, Thomas; Nguyen, An; Rajczewski, Andrew T.; Johnson, James. E; Griffin, Timothy J.; Wolan, Dennis W.; Jagtap, Pratik D.

    Metaproteomics Analysis of SARS-CoV-2-Infected Patient Samples Reveals Presence of Potential Coinfecting Microorganisms

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    American Chemical Society (ACS), 2021

    Erschienen in: Journal of Proteome Research

  20. Rajczewski, Andrew T.; Mehta, Subina; Nguyen, Dinh Duy An; Grüning, Björn; Johnson, James E.; McGowan, Thomas; Griffin, Timothy J.; Jagtap, Pratik D.

    A rigorous evaluation of optimal peptide targets for MS-based clinical diagnostics of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)

    Aufsätze
    Online ansehen
    Schließen

    Zugang

    Schließen

    Merkliste

    Sie können Bookmarks mittels Listen verwalten, loggen Sie sich dafür bitte in Ihr SLUB Benutzerkonto ein.

    Springer Science and Business Media LLC, 2021

    Erschienen in: Clinical Proteomics