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  1. Niarakis, Anna [Verfasser:in]; Ostaszewski, Marek [Verfasser:in]; Mazein, Alexander [Verfasser:in]; Kuperstein, Inna [Verfasser:in]; Kutmon, Martina [Verfasser:in]; Gillespie, Marc E. [Verfasser:in]; Funahashi, Akira [Verfasser:in]; Acencio, Marcio Luis [Verfasser:in]; Hemedan, Ahmed [Verfasser:in]; Aichem, Michael [Verfasser:in]; Klein, Karsten [Verfasser:in]; Czauderna, Tobias [Verfasser:in]; Burtscher, Felicia [Verfasser:in]; Yamada, Takahiro G. [Verfasser:in]; Hiki, Yusuke [Verfasser:in]; Hiroi, Noriko F. [Verfasser:in]; Hu, Finterly [Verfasser:in]; Pham, Nhung [Verfasser:in]; Ehrhart, Friederike [Verfasser:in]; Willighagen, Egon L. [Verfasser:in]; Valdeolivas, Alberto [Verfasser:in]; Dugourd, Aurélien [Verfasser:in]; Messina, Francesco [Verfasser:in]; Esteban-Medina, Marina [Verfasser:in]; [...]

    Drug-target identification in COVID-19 disease mechanisms using computational systems biology approaches

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    13 February 2024

    Erschienen in: Frontiers in immunology ; 14(2024), Artikel-ID 1282859, Seite 1-24

  2. Alper, Pinar; Becker, Regina; Satagopam, Venkata; Trefois, Christophe; Grouès, Valentin; Lebioda, Jacek; Jarosz, Yohan

    Lecture Notes in Computer Science: Provenance-Enabled Stewardship of Human Data in the GDPR Era

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    Springer International Publishing, 2018

    Erschienen in: Lecture Notes in Computer Science (2018), Seite 266-269

  3. Becker, Regina; Alper, Pinar; Grouès, Valentin; Munoz, Sandrine; Jarosz, Yohan; Lebioda, Jacek; Rege, Kavita; Trefois, Christophe; Satagopam, Venkata; Schneider, Reinhard

    DAISY: A Data Information System for accountability under the General Data Protection Regulation

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    Oxford University Press (OUP), 2019

    Erschienen in: GigaScience, 8 (2019) 12

  4. Narayanasamy, Shaman; Jarosz, Yohan; Muller, Emilie E. L.; Heintz-Buschart, Anna; Herold, Malte; Kaysen, Anne; Laczny, Cédric C.; Pinel, Nicolás; May, Patrick; Wilmes, Paul

    IMP: a pipeline for reproducible reference-independent integrated metagenomic and metatranscriptomic analyses

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    Springer Science and Business Media LLC, 2016

    Erschienen in: Genome Biology, 17 (2016) 1

  5. David, Fabrice P. A.; Delafontaine, Julien; Carat, Solenne; Ross, Frederick J.; Lefebvre, Gregory; Jarosz, Yohan; Sinclair, Lucas; Noordermeer, Daan; Rougemont, Jacques; Leleu, Marion

    HTSstation: A Web Application and Open-Access Libraries for High-Throughput Sequencing Data Analysis

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    Public Library of Science (PLoS), 2014

    Erschienen in: PLoS ONE, 9 (2014) 1, Seite e85879

  6. Bastian, Frederic B; Roux, Julien; Niknejad, Anne; Comte, Aurélie; Fonseca Costa, Sara S; de Farias, Tarcisio Mendes; Moretti, Sébastien; Parmentier, Gilles; de Laval, Valentine Rech; Rosikiewicz, Marta; Wollbrett, Julien; Echchiki, Amina; Escoriza, Angélique; Gharib, Walid H; Gonzales-Porta, Mar; Jarosz, Yohan; Laurenczy, Balazs; Moret, Philippe; Person, Emilie; Roelli, Patrick; Sanjeev, Komal; Seppey, Mathieu; Robinson-Rechavi, Marc

    The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals

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    Oxford University Press (OUP), 2021

    Erschienen in: Nucleic Acids Research, 49 (2021) D1, Seite D831-D847

  7. Bernhofer, Michael; Dallago, Christian; Karl, Tim; Satagopam, Venkata; Heinzinger, Michael; Littmann, Maria; Olenyi, Tobias; Qiu, Jiajun; Schütze, Konstantin; Yachdav, Guy; Ashkenazy, Haim; Ben-Tal, Nir; Bromberg, Yana; Goldberg, Tatyana; Kajan, Laszlo; O’Donoghue, Sean; Sander, Chris; Schafferhans, Andrea; Schlessinger, Avner; Vriend, Gerrit; Mirdita, Milot; Gawron, Piotr; Gu, Wei; Jarosz, Yohan; [...]

    PredictProtein - Predicting Protein Structure and Function for 29 Years

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    Oxford University Press (OUP), 2021

    Erschienen in: Nucleic Acids Research, 49 (2021) W1, Seite W535-W540

  8. Noronha, Alberto; Modamio, Jennifer; Jarosz, Yohan; Guerard, Elisabeth; Sompairac, Nicolas; Preciat, German; Daníelsdóttir, Anna Dröfn; Krecke, Max; Merten, Diane; Haraldsdóttir, Hulda S; Heinken, Almut; Heirendt, Laurent; Magnúsdóttir, Stefanía; Ravcheev, Dmitry A; Sahoo, Swagatika; Gawron, Piotr; Friscioni, Lucia; Garcia, Beatriz; Prendergast, Mabel; Puente, Alberto; Rodrigues, Mariana; Roy, Akansha; Rouquaya, Mouss; Wiltgen, Luca; [...]

    The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiome metabolism with nutrition and disease

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    Oxford University Press (OUP), 2019

    Erschienen in: Nucleic Acids Research, 47 (2019) D1, Seite D614-D624

  9. Yeganeh, Meghdad; Praz, Viviane; Carmeli, Cristian; Villeneuve, Dominic; Rib, Leonor; Guex, Nicolas; Herr, Winship; Delorenzi, Mauro; Hernandez, Nouria; Hernandez, Nouria; Delorenzi, Mauro; Deplancke, Bart; Desvergne, Béatrice; Guex, Nicolas; Herr, Winship; Naef, Felix; Rougemont, Jacques; Schibler, Ueli; Andersin, Teemu; Cousin, Pascal; Gilardi, Federica; Gos, Pascal; Lammers, Fabienne; Lopes, Maykel; [...]

    Differential regulation of RNA polymerase III genes during liver regeneration

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    Oxford University Press (OUP), 2019

    Erschienen in: Nucleic Acids Research, 47 (2019) 4, Seite 1786-1796

  10. Niarakis, Anna; Ostaszewski, Marek; Mazein, Alexander; Kuperstein, Inna; Kutmon, Martina; Gillespie, Marc E.; Funahashi, Akira; Acencio, Marcio Luis; Hemedan, Ahmed; Aichem, Michael; Klein, Karsten; Czauderna, Tobias; Burtscher, Felicia; Yamada, Takahiro G.; Hiki, Yusuke; Hiroi, Noriko F.; Hu, Finterly; Pham, Nhung; Ehrhart, Friederike; Willighagen, Egon L.; Valdeolivas, Alberto; Dugourd, Aurelien; Messina, Francesco; Esteban-Medina, Marina; [...]

    Drug-target identification in COVID-19 disease mechanisms using computational systems biology approaches

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    Frontiers Media SA, 2024

    Erschienen in: Frontiers in Immunology, 14 (2024)

  11. de Lope, Elisa Gómez; Loo, Rebecca Ting Jiin; Rauschenberger, Armin; Ali, Muhammad; Pavelka, Lukas; Marques, Tainá M.; Gomes, Clarissa P. C.; Krüger, Rejko; Glaab, Enrico; Acharya, Geeta; Aguayo, Gloria; Alexandre, Myriam; Ali, Muhammad; Ammerlann, Wim; Arena, Giuseppe; Balling, Rudi; Bassis, Michele; Batutu, Roxane; Beaumont, Katy; Becker, Regina; Bellora, Camille; Berchem, Guy; Berg, Daniela; Bisdorff, Alexandre; [...]

    Comprehensive blood metabolomics profiling of Parkinson’s disease reveals coordinated alterations in xanthine metabolism

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: npj Parkinson's Disease, 10 (2024) 1

  12. Pachchek, Sinthuja; Landoulsi, Zied; Pavelka, Lukas; Schulte, Claudia; Buena-Atienza, Elena; Gross, Caspar; Hauser, Ann-Kathrin; Reddy Bobbili, Dheeraj; Casadei, Nicolas; May, Patrick; Krüger, Rejko; Acharya, Geeta; Aguayo, Gloria; Alexandre, Myriam; Ali, Muhammad; Ammerlann, Wim; Arena, Giuseppe; Balling, Rudi; Bassis, Michele; Batutu, Roxane; Beaumont, Katy; Becker, Regina; Bellora, Camille; Berchem, Guy; [...]

    Accurate long-read sequencing identified GBA1 as major risk factor in the Luxembourgish Parkinson’s study

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: npj Parkinson's Disease, 9 (2023) 1

  13. Pachchek, Sinthuja; Landoulsi, Zied; Pavelka, Lukas; Schulte, Claudia; Buena-Atienza, Elena; Gross, Caspar; Hauser, Ann-Kathrin; Reddy Bobbili, Dheeraj; Casadei, Nicolas; May, Patrick; Krüger, Rejko; Acharya, Geeta; Aguayo, Gloria; Alexandre, Myriam; Ali, Muhammad; Ammerlann, Wim; Arena, Giuseppe; Balling, Rudi; Bassis, Michele; Batutu, Roxane; Beaumont, Katy; Becker, Regina; Bellora, Camille; Berchem, Guy; [...]

    Author Correction: Accurate long-read sequencing identified GBA1 as major risk factor in the Luxembourgish Parkinson’s study

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: npj Parkinson's Disease, 9 (2023) 1