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  1. Kirilenko, Bogdan M. [Verfasser:in] ; Hiller, Michael Thomas [Akademische:r Betreuer:in]; Zerial, Marino [Akademische:r Betreuer:in] Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik, Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik

    A novel approach to infer orthologs and produce gene annotations at scale

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    Dresden, 2021

  2. Kirilenko, Bogdan M. [Verfasser:in] ; Hiller, Michael [Sonstige Person, Familie und Körperschaft]; Zerial, Marino [Sonstige Person, Familie und Körperschaft] Technische Universität Dresden, Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik, Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik

    A novel approach to infer orthologs and produce gene annotations at scale

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    Dresden: Technische Universität Dresden, 2022

  3. Blumer, Moritz [Verfasser:in]; Brown, Thomas [Verfasser:in]; Freitas, Mariella Bontempo [Verfasser:in]; Destro, Ana Luiza [Verfasser:in]; Oliveira, Juraci A. [Verfasser:in]; Morales, Ariadna E. [Verfasser:in]; Schell, Tilman [Verfasser:in]; Greve, Carola [Verfasser:in]; Pippel, Martin [Verfasser:in]; Jebb, David [Verfasser:in]; Hecker, Nikolai [Verfasser:in]; Ahmed, Alexis-Walid [Verfasser:in]; Kirilenko, Bogdan M. [Verfasser:in]; Foote, Maddy [Verfasser:in]; Janke, Axel [Verfasser:in]; Lim, Burton K. [Verfasser:in]; Hiller, Michael [Verfasser:in]

    Gene losses in the common vampire bat illuminate molecular adaptations to blood feeding

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    Frankfurt am Main: Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg, 2021

  4. Kirilenko, Bogdan M. [Verfasser:in] ; Hiller, Michael [Sonstige Person, Familie und Körperschaft]; Zerial, Marino [Sonstige Person, Familie und Körperschaft]

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    Dresden: Technische Universität Dresden, 2022

  6. Lee, Jun-Hoe; Lewis, Kevin M.; Moural, Timothy W.; Kirilenko, Bogdan; Borgonovo, Barbara; Prange, Gisa; Koessl, Manfred; Huggenberger, Stefan; Kang, ChulHee; Hiller, Michael

    Molecular parallelism in fast-twitch muscle proteins in echolocating mammals

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2018

    Erschienen in: Science Advances, 4 (2018) 9

  7. Doronina, Liliya; Hughes, Graham M.; Moreno-Santillan, Diana; Lawless, Colleen; Lonergan, Tadhg; Ryan, Louise; Jebb, David; Kirilenko, Bogdan M.; Korstian, Jennifer M.; Dávalos, Liliana M.; Vernes, Sonja C.; Myers, Eugene W.; Teeling, Emma C.; Hiller, Michael; Jermiin, Lars S.; Schmitz, Jürgen; Springer, Mark S.; Ray, David A.

    Contradictory Phylogenetic Signals in the Laurasiatheria Anomaly Zone

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    MDPI AG, 2022

    Erschienen in: Genes, 13 (2022) 5, Seite 766

  8. Clawson, Hiram; Lee, Brian T.; Raney, Brian J.; Barber, Galt P.; Casper, Jonathan; Diekhans, Mark; Fischer, Clay; Gonzalez, Jairo Navarro; Hinrichs, Angie S.; Lee, Christopher M.; Nassar, Luis R.; Perez, Gerardo; Wick, Brittney; Schmelter, Daniel; Speir, Matthew L.; Armstrong, Joel; Zweig, Ann S.; Kuhn, Robert M.; Kirilenko, Bogdan M.; Hiller, Michael; Haussler, David; Kent, W. James; Haeussler, Maximilian

    GenArk: towards a million UCSC genome browsers

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: Genome Biology, 24 (2023) 1

  9. Blumer, Moritz; Brown, Tom; Freitas, Mariella Bontempo; Destro, Ana Luiza; Oliveira, Juraci A.; Morales, Ariadna E.; Schell, Tilman; Greve, Carola; Pippel, Martin; Jebb, David; Hecker, Nikolai; Ahmed, Alexis-Walid; Kirilenko, Bogdan M.; Foote, Maddy; Janke, Axel; Lim, Burton K.; Hiller, Michael

    Gene losses in the common vampire bat illuminate molecular adaptations to blood feeding

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2022

    Erschienen in: Science Advances, 8 (2022) 12

  10. Jebb, David; Huang, Zixia; Pippel, Martin; Hughes, Graham M.; Lavrichenko, Ksenia; Devanna, Paolo; Winkler, Sylke; Jermiin, Lars S.; Skirmuntt, Emilia C.; Katzourakis, Aris; Burkitt-Gray, Lucy; Ray, David A.; Sullivan, Kevin A. M.; Roscito, Juliana G.; Kirilenko, Bogdan M.; Dávalos, Liliana M.; Corthals, Angelique P.; Power, Megan L.; Jones, Gareth; Ransome, Roger D.; Dechmann, Dina K. N.; Locatelli, Andrea G.; Puechmaille, Sébastien J.; Fedrigo, Olivier; [...]

    Six reference-quality genomes reveal evolution of bat adaptations

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    Springer Science and Business Media LLC, 2020

    Erschienen in: Nature, 583 (2020) 7817, Seite 578-584

  11. Toh, Huishi; Yang, Chentao; Formenti, Giulio; Raja, Kalpana; Yan, Lily; Tracey, Alan; Chow, William; Howe, Kerstin; Bergeron, Lucie A.; Zhang, Guojie; Haase, Bettina; Mountcastle, Jacquelyn; Fedrigo, Olivier; Fogg, John; Kirilenko, Bogdan; Munegowda, Chetan; Hiller, Michael; Jain, Aashish; Kihara, Daisuke; Rhie, Arang; Phillippy, Adam M.; Swanson, Scott A.; Jiang, Peng; Clegg, Dennis O.; [...]

    A haplotype-resolved genome assembly of the Nile rat facilitates exploration of the genetic basis of diabetes

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    Springer Science and Business Media LLC, 2022

    Erschienen in: BMC Biology, 20 (2022) 1

  12. Bukhman, Yury V; Morin, Phillip A; Meyer, Susanne; Chu, Li-Fang; Jacobsen, Jeff K; Antosiewicz-Bourget, Jessica; Mamott, Daniel; Gonzales, Maylie; Argus, Cara; Bolin, Jennifer; Berres, Mark E; Fedrigo, Olivier; Steill, John; Swanson, Scott A; Jiang, Peng; Rhie, Arang; Formenti, Giulio; Phillippy, Adam M; Harris, Robert S; Wood, Jonathan M D; Howe, Kerstin; Kirilenko, Bogdan M; Munegowda, Chetan; Hiller, Michael; [...]

    A High-Quality Blue Whale Genome, Segmental Duplications, and Historical Demography

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    Oxford University Press (OUP), 2024

    Erschienen in: Molecular Biology and Evolution, 41 (2024) 3

  13. Kirilenko, Bogdan M.; Munegowda, Chetan; Osipova, Ekaterina; Jebb, David; Sharma, Virag; Blumer, Moritz; Morales, Ariadna E.; Ahmed, Alexis-Walid; Kontopoulos, Dimitrios-Georgios; Hilgers, Leon; Lindblad-Toh, Kerstin; Karlsson, Elinor K.; Hiller, Michael; Andrews, Gregory; Armstrong, Joel C.; Bianchi, Matteo; Birren, Bruce W.; Bredemeyer, Kevin R.; Breit, Ana M.; Christmas, Matthew J.; Clawson, Hiram; Damas, Joana; Di Palma, Federica; Diekhans, Mark; [...]

    Integrating gene annotation with orthology inference at scale

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2023

    Erschienen in: Science, 380 (2023) 6643

  14. Osmanski, Austin B.; Paulat, Nicole S.; Korstian, Jenny; Grimshaw, Jenna R.; Halsey, Michaela; Sullivan, Kevin A. M.; Moreno-Santillán, Diana D.; Crookshanks, Claudia; Roberts, Jacquelyn; Garcia, Carlos; Johnson, Matthew G.; Densmore, Llewellyn D.; Stevens, Richard D.; Rosen, Jeb; Storer, Jessica M.; Hubley, Robert; Smit, Arian F. A.; Dávalos, Liliana M.; Karlsson, Elinor K.; Lindblad-Toh, Kerstin; Ray, David A.; Andrews, Gregory; Armstrong, Joel C.; Bianchi, Matteo; [...]

    Insights into mammalian TE diversity through the curation of 248 genome assemblies

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2023

    Erschienen in: Science, 380 (2023) 6643

  15. Foley, Nicole M.; Mason, Victor C.; Harris, Andrew J.; Bredemeyer, Kevin R.; Damas, Joana; Lewin, Harris A.; Eizirik, Eduardo; Gatesy, John; Karlsson, Elinor K.; Lindblad-Toh, Kerstin; Springer, Mark S.; Murphy, William J.; Andrews, Gregory; Armstrong, Joel C.; Bianchi, Matteo; Birren, Bruce W.; Bredemeyer, Kevin R.; Breit, Ana M.; Christmas, Matthew J.; Clawson, Hiram; Damas, Joana; Di Palma, Federica; Diekhans, Mark; Dong, Michael X.; [...]

    A genomic timescale for placental mammal evolution

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2023

    Erschienen in: Science, 380 (2023) 6643

  16. Kaplow, Irene M.; Lawler, Alyssa J.; Schäffer, Daniel E.; Srinivasan, Chaitanya; Sestili, Heather H.; Wirthlin, Morgan E.; Phan, BaDoi N.; Prasad, Kavya; Brown, Ashley R.; Zhang, Xiaomeng; Foley, Kathleen; Genereux, Diane P.; Karlsson, Elinor K.; Lindblad-Toh, Kerstin; Meyer, Wynn K.; Pfenning, Andreas R.; Andrews, Gregory; Armstrong, Joel C.; Bianchi, Matteo; Birren, Bruce W.; Bredemeyer, Kevin R.; Breit, Ana M.; Christmas, Matthew J.; Clawson, Hiram; [...]

    Relating enhancer genetic variation across mammals to complex phenotypes using machine learning

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2023

    Erschienen in: Science, 380 (2023) 6643

  17. Damas, Joana; Corbo, Marco; Kim, Jaebum; Turner-Maier, Jason; Farré, Marta; Larkin, Denis M.; Ryder, Oliver A.; Steiner, Cynthia; Houck, Marlys L.; Hall, Shaune; Shiue, Lily; Thomas, Stephen; Swale, Thomas; Daly, Mark; Korlach, Jonas; Uliano-Silva, Marcela; Mazzoni, Camila J.; Birren, Bruce W.; Genereux, Diane P.; Johnson, Jeremy; Lindblad-Toh, Kerstin; Karlsson, Elinor K.; Nweeia, Martin T.; Johnson, Rebecca N.; [...]

    Evolution of the ancestral mammalian karyotype and syntenic regions

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    Proceedings of the National Academy of Sciences, 2022

    Erschienen in: Proceedings of the National Academy of Sciences, 119 (2022) 40

  18. Christmas, Matthew J.; Kaplow, Irene M.; Genereux, Diane P.; Dong, Michael X.; Hughes, Graham M.; Li, Xue; Sullivan, Patrick F.; Hindle, Allyson G.; Andrews, Gregory; Armstrong, Joel C.; Bianchi, Matteo; Breit, Ana M.; Diekhans, Mark; Fanter, Cornelia; Foley, Nicole M.; Goodman, Daniel B.; Goodman, Linda; Keough, Kathleen C.; Kirilenko, Bogdan; Kowalczyk, Amanda; Lawless, Colleen; Lind, Abigail L.; Meadows, Jennifer R. S.; Moreira, Lucas R.; [...]

    Evolutionary constraint and innovation across hundreds of placental mammals

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2023

    Erschienen in: Science, 380 (2023) 6643

  19. Wilder, Aryn P.; Supple, Megan A.; Subramanian, Ayshwarya; Mudide, Anish; Swofford, Ross; Serres-Armero, Aitor; Steiner, Cynthia; Koepfli, Klaus-Peter; Genereux, Diane P.; Karlsson, Elinor K.; Lindblad-Toh, Kerstin; Marques-Bonet, Tomas; Munoz Fuentes, Violeta; Foley, Kathleen; Meyer, Wynn K.; Ryder, Oliver A.; Shapiro, Beth; Andrews, Gregory; Armstrong, Joel C.; Bianchi, Matteo; Birren, Bruce W.; Bredemeyer, Kevin R.; Breit, Ana M.; Christmas, Matthew J.; [...]

    The contribution of historical processes to contemporary extinction risk in placental mammals

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2023

    Erschienen in: Science, 380 (2023) 6643

  20. Xue, James R.; Mackay-Smith, Ava; Mouri, Kousuke; Garcia, Meilin Fernandez; Dong, Michael X.; Akers, Jared F.; Noble, Mark; Li, Xue; Lindblad-Toh, Kerstin; Karlsson, Elinor K.; Noonan, James P.; Capellini, Terence D.; Brennand, Kristen J.; Tewhey, Ryan; Sabeti, Pardis C.; Reilly, Steven K.; Andrews, Gregory; Armstrong, Joel C.; Bianchi, Matteo; Birren, Bruce W.; Bredemeyer, Kevin R.; Breit, Ana M.; Christmas, Matthew J.; Clawson, Hiram; [...]

    The functional and evolutionary impacts of human-specific deletions in conserved elements

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2023

    Erschienen in: Science, 380 (2023) 6643