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  1. Niarakis, Anna [Verfasser:in]; Ostaszewski, Marek [Verfasser:in]; Mazein, Alexander [Verfasser:in]; Kuperstein, Inna [Verfasser:in]; Kutmon, Martina [Verfasser:in]; Gillespie, Marc E. [Verfasser:in]; Funahashi, Akira [Verfasser:in]; Acencio, Marcio Luis [Verfasser:in]; Hemedan, Ahmed [Verfasser:in]; Aichem, Michael [Verfasser:in]; Klein, Karsten [Verfasser:in]; Czauderna, Tobias [Verfasser:in]; Burtscher, Felicia [Verfasser:in]; Yamada, Takahiro G. [Verfasser:in]; Hiki, Yusuke [Verfasser:in]; Hiroi, Noriko F. [Verfasser:in]; Hu, Finterly [Verfasser:in]; Pham, Nhung [Verfasser:in]; Ehrhart, Friederike [Verfasser:in]; Willighagen, Egon L. [Verfasser:in]; Valdeolivas, Alberto [Verfasser:in]; Dugourd, Aurélien [Verfasser:in]; Messina, Francesco [Verfasser:in]; Esteban-Medina, Marina [Verfasser:in]; [...]

    Drug-target identification in COVID-19 disease mechanisms using computational systems biology approaches

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    13 February 2024

    Erschienen in: Frontiers in immunology ; 14(2023), Artikel-ID 1282859, Seite 1-24

  3. Orlic-Milacic, Marija; Kaufman, Liana; Mikhailov, Anna; Cheung, Aaron Y. L.; Mahmood, Huda; Ellis, James; Gianakopoulos, Peter J.; Minassian, Berge A.; Vincent, John B.

    Over-Expression of Either MECP2_e1 or MECP2_e2 in Neuronally Differentiated Cells Results in Different Patterns of Gene Expression

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    Public Library of Science (PLoS), 2014

    Erschienen in: PLoS ONE, 9 (2014) 4, Seite e91742

  4. Pajovic, Sanja; Corson, Timothy W.; Spencer, Clarellen; Dimaras, Helen; Orlic-Milacic, Marija; Marchong, Mellone N.; To, Kwong-Him; Thériault, Brigitte; Auspitz, Mark; Gallie, Brenda L.

    The TAg-RB Murine Retinoblastoma Cell of Origin Has Immunohistochemical Features of Differentiated Müller Glia with Progenitor Properties

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    Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO), 2011

    Erschienen in: Investigative Opthalmology & Visual Science, 52 (2011) 10, Seite 7618

  5. Sidiropoulos, Konstantinos; Viteri, Guilherme; Sevilla, Cristoffer; Jupe, Steve; Webber, Marissa; Orlic-Milacic, Marija; Jassal, Bijay; May, Bruce; Shamovsky, Veronica; Duenas, Corina; Rothfels, Karen; Matthews, Lisa; Song, Heeyeon; Stein, Lincoln; Haw, Robin; D’Eustachio, Peter; Ping, Peipei; Hermjakob, Henning; Fabregat, Antonio

    Reactome enhanced pathway visualization

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    Oxford University Press (OUP), 2017

    Erschienen in: Bioinformatics, 33 (2017) 21, Seite 3461-3467

  6. Gianakopoulos, Peter J.; Zhang, Yuzhi; Pencea, Nela; Orlic‐Milacic, Marija; Mittal, Kirti; Windpassinger, Christian; White, Sara‐Jane; Kroisel, Peter M.; Chow, Eva W.C.; Saunders, Carol J.; Minassian, Berge A.; Vincent, John B.

    Mutations in MECP2 exon 1 in classical rett patients disrupt MECP2_e1 transcription, but not transcription of MECP2_e2

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    Wiley, 2012

    Erschienen in: American Journal of Medical Genetics Part B: Neuropsychiatric Genetics, 159B (2012) 2, Seite 210-216

  7. Ruzanov, Peter; Evdokimova, Valentina; Pachva, Manideep C.; Minkovich, Alon; Zhang, Zhenbo; Langman, Sofya; Gassmann, Hendrik; Thiel, Uwe; Orlic-Milacic, Marija; Zaidi, Syed H.; Peltekova, Vanya; Heisler, Lawrence E.; Sharma, Manju; Cox, Michael E.; McKee, Trevor D.; Zaidi, Mark; Lapouble, Eve; McPherson, John D.; Delattre, Olivier; Radvanyi, Laszlo; Burdach, Stefan E.G.; Stein, Lincoln D.; Sorensen, Poul H.

    Oncogenic ETS fusions promote DNA damage and proinflammatory responses via pericentromeric RNAs in extracellular vesicles

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    American Society for Clinical Investigation, 2024

    Erschienen in: Journal of Clinical Investigation, 134 (2024) 9

  8. Orlic-Milacic, Marija; Rothfels, Karen; Matthews, Lisa; Wright, Adam; Jassal, Bijay; Shamovsky, Veronica; Trinh, Quang; Gillespie, Marc E; Sevilla, Cristoffer; Tiwari, Krishna; Ragueneau, Eliot; Gong, Chuqiao; Stephan, Ralf; May, Bruce; Haw, Robin; Weiser, Joel; Beavers, Deidre; Conley, Patrick; Hermjakob, Henning; Stein, Lincoln D; D’Eustachio, Peter; Wu, Guanming

    Pathway-based, reaction-specific annotation of disease variants for elucidation of molecular phenotypes

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    Oxford University Press (OUP), 2024

    Erschienen in: Database, 2024 (2024)

  9. Huntley, Rachael P.; Sitnikov, Dmitry; Orlic-Milacic, Marija; Balakrishnan, Rama; D'Eustachio, Peter; Gillespie, Marc E.; Howe, Doug; Kalea, Anastasia Z.; Maegdefessel, Lars; Osumi-Sutherland, David; Petri, Victoria; Smith, Jennifer R.; Van Auken, Kimberly; Wood, Valerie; Zampetaki, Anna; Mayr, Manuel; Lovering, Ruth C.

    Guidelines for the functional annotation of microRNAs using the Gene Ontology

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    Cold Spring Harbor Laboratory, 2016

    Erschienen in: RNA, 22 (2016) 5, Seite 667-676

  10. Sweeney, Blake A; Petrov, Anton I; Burkov, Boris; Finn, Robert D; Bateman, Alex; Szymanski, Maciej; Karlowski, Wojciech M; Gorodkin, Jan; Seemann, Stefan E; Cannone, Jamie J; Gutell, Robin R; Fey, Petra; Basu, Siddhartha; Kay, Simon; Cochrane, Guy; Billis, Kostantinos; Emmert, David; Marygold, Steven J; Huntley, Rachael P; Lovering, Ruth C; Frankish, Adam; Chan, Patricia P; Lowe, Todd M; Bruford, Elspeth; [...]

    RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences

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    Oxford University Press (OUP), 2019

    Erschienen in: Nucleic Acids Research, 47 (2019) D1, Seite D221-D229

  11. Sweeney, Blake A; Petrov, Anton I; Burkov, Boris; Finn, Robert D; Bateman, Alex; Szymanski, Maciej; Karlowski, Wojciech M; Gorodkin, Jan; Seemann, Stefan E; Cannone, Jamie J; Gutell, Robin R; Fey, Petra; Basu, Siddhartha; Kay, Simon; Cochrane, Guy; Billis, Kostantinos; Emmert, David; Marygold, Steven J; Huntley, Rachael P; Lovering, Ruth C; Frankish, Adam; Chan, Patricia P; Lowe, Todd M; Bruford, Elspeth; [...]

    RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences

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    Oxford University Press (OUP), 2019

    Erschienen in: Nucleic Acids Research, 47 (2019) D1, Seite D1250-D1251

  12. Noor, Abdul; Whibley, Annabel; Marshall, Christian R.; Gianakopoulos, Peter J.; Piton, Amelie; Carson, Andrew R.; Orlic-Milacic, Marija; Lionel, Anath C.; Sato, Daisuke; Pinto, Dalila; Drmic, Irene; Noakes, Carolyn; Senman, Lili; Zhang, Xiaoyun; Mo, Rong; Gauthier, Julie; Crosbie, Jennifer; Pagnamenta, Alistair T.; Munson, Jeffrey; Estes, Annette M.; Fiebig, Andreas; Franke, Andre; Schreiber, Stefan; Stewart, Alexandre F. R.; [...]

    Disruption at the PTCHD1 Locus on Xp22.11 in Autism Spectrum Disorder and Intellectual Disability

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    American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2010

    Erschienen in: Science Translational Medicine, 2 (2010) 49

  13. Niarakis, Anna; Ostaszewski, Marek; Mazein, Alexander; Kuperstein, Inna; Kutmon, Martina; Gillespie, Marc E.; Funahashi, Akira; Acencio, Marcio Luis; Hemedan, Ahmed; Aichem, Michael; Klein, Karsten; Czauderna, Tobias; Burtscher, Felicia; Yamada, Takahiro G.; Hiki, Yusuke; Hiroi, Noriko F.; Hu, Finterly; Pham, Nhung; Ehrhart, Friederike; Willighagen, Egon L.; Valdeolivas, Alberto; Dugourd, Aurelien; Messina, Francesco; Esteban-Medina, Marina; [...]

    Drug-target identification in COVID-19 disease mechanisms using computational systems biology approaches

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    Frontiers Media SA, 2024

    Erschienen in: Frontiers in Immunology, 14 (2024)

  14. Ostaszewski, Marek; Niarakis, Anna; Mazein, Alexander; Kuperstein, Inna; Phair, Robert; Orta‐Resendiz, Aurelio; Singh, Vidisha; Aghamiri, Sara Sadat; Acencio, Marcio Luis; Glaab, Enrico; Ruepp, Andreas; Fobo, Gisela; Montrone, Corinna; Brauner, Barbara; Frishman, Goar; Monraz Gómez, Luis Cristóbal; Somers, Julia; Hoch, Matti; Kumar Gupta, Shailendra; Scheel, Julia; Borlinghaus, Hanna; Czauderna, Tobias; Schreiber, Falk; Montagud, Arnau; [...]

    COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms

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    Springer Science and Business Media LLC, 2021

    Erschienen in: Molecular Systems Biology, 17 (2021) 10

  15. Ostaszewski, Marek; Niarakis, Anna; Mazein, Alexander; Kuperstein, Inna; Phair, Robert; Orta‐Resendiz, Aurelio; Singh, Vidisha; Aghamiri, Sara Sadat; Acencio, Marcio Luis; Glaab, Enrico; Ruepp, Andreas; Fobo, Gisela; Montrone, Corinna; Brauner, Barbara; Frishman, Goar; Monraz Gómez, Luis Cristóbal; Somers, Julia; Hoch, Matti; Kumar Gupta, Shailendra; Scheel, Julia; Borlinghaus, Hanna; Czauderna, Tobias; Schreiber, Falk; Montagud, Arnau; [...]

    COVID‐19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus‐host interaction mechanisms

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    Springer Science and Business Media LLC, 2021

    Erschienen in: Molecular Systems Biology, 17 (2021) 12