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Rhie, Arang [Verfasser:in]; Meyer, Axel [Verfasser:in]; Kautt, Andreas [Verfasser:in]; Franchini, Paolo [Verfasser:in]; Kraus, Robert H. S. [Verfasser:in]; Howe, Kerstin [Verfasser:in]; Myers, Eugene W. [Verfasser:in]; Durbin, Richard [Verfasser:in]; Phillippy, Adam M. [Verfasser:in]; Jarvis, Erich D. [Verfasser:in]

Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species

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Konstanz: KOPS Universität Konstanz, 2021
Phillippy, Adam M.

New advances in sequence assembly

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Cold Spring Harbor Laboratory, 2017

Erschienen in: Genome Research, 27 (2017) 5, Seite xi-xiii
Treangen, Todd J; Phillippy, Adam M

Irreconcilable differences: divorcing geographic mutation and recombination rates within a global MRSA clone

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Springer Science and Business Media LLC, 2012

Erschienen in: Genome Biology, 13 (2012) 12, Seite 181
Schatz, Michael C; Phillippy, Adam M

The rise of a digital immune system

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Oxford University Press (OUP), 2012

Erschienen in: GigaScience, 1 (2012) 1
Kille, Bryce; Garrison, Erik; Treangen, Todd J; Phillippy, Adam M

Minmers are a generalization of minimizers that enable unbiased local Jaccard estimation

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Oxford University Press (OUP), 2023

Erschienen in: Bioinformatics, 39 (2023) 9
Rhie, Arang; Walenz, Brian P.; Koren, Sergey; Phillippy, Adam M.

Merqury: reference-free quality, completeness, and phasing assessment for genome assemblies

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Springer Science and Business Media LLC, 2020

Erschienen in: Genome Biology, 21 (2020) 1
Dilthey, Alexander T.; Jain, Chirag; Koren, Sergey; Phillippy, Adam M.

Strain-level metagenomic assignment and compositional estimation for long reads with MetaMaps

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Springer Science and Business Media LLC, 2019

Erschienen in: Nature Communications, 10 (2019) 1
Ondov, Brian D; Bergman, Nicholas H; Phillippy, Adam M

Interactive metagenomic visualization in a Web browser

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Springer Science and Business Media LLC, 2011

Erschienen in: BMC Bioinformatics, 12 (2011) 1
Phillippy, Adam M; Deng, Xiangyu; Zhang, Wei; Salzberg, Steven L

Efficient oligonucleotide probe selection for pan-genomic tiling arrays

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Springer Science and Business Media LLC, 2009

Erschienen in: BMC Bioinformatics, 10 (2009) 1
Phillippy, Adam M; Schatz, Michael C; Pop, Mihai

Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly

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Springer Science and Business Media LLC, 2008

Erschienen in: Genome Biology, 9 (2008) 3, Seite R55
Delcher, Arthur L.; Salzberg, Steven L.; Phillippy, Adam M.

Using MUMmer to Identify Similar Regions in Large Sequence Sets

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Wiley, 2003

Erschienen in: Current Protocols in Bioinformatics (2003) 1
Jain, Chirag; Rodriguez-R, Luis M.; Phillippy, Adam M.; Konstantinidis, Konstantinos T.; Aluru, Srinivas

High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries

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Springer Science and Business Media LLC, 2018

Erschienen in: Nature Communications, 9 (2018) 1
Berlin, Konstantin; Koren, Sergey; Chin, Chen-Shan; Drake, James P; Landolin, Jane M; Phillippy, Adam M

Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing

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Springer Science and Business Media LLC, 2015

Erschienen in: Nature Biotechnology, 33 (2015) 6, Seite 623-630
Berlin, Konstantin; Koren, Sergey; Chin, Chen-Shan; Drake, James P; Landolin, Jane M; Phillippy, Adam M

Erratum: Corrigendum: Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing

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Springer Science and Business Media LLC, 2015

Erschienen in: Nature Biotechnology, 33 (2015) 10, Seite 1109-1109
Koren, Sergey; Treangen, Todd J; Hill, Christopher M; Pop, Mihai; Phillippy, Adam M

Automated ensemble assembly and validation of microbial genomes

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Springer Science and Business Media LLC, 2014

Erschienen in: BMC Bioinformatics, 15 (2014) 1
Benoit, Gaëtan; Raguideau, Sébastien; James, Robert; Phillippy, Adam M.; Chikhi, Rayan; Quince, Christopher

High-quality metagenome assembly from long accurate reads with metaMDBG

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Springer Science and Business Media LLC, 2024

Erschienen in: Nature Biotechnology (2024)
Chen, Nae-Chyun; Paulin, Luis F.; Sedlazeck, Fritz J.; Koren, Sergey; Phillippy, Adam M.; Langmead, Ben

Improved sequence mapping using a complete reference genome and lift-over

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Springer Science and Business Media LLC, 2024

Erschienen in: Nature Methods, 21 (2024) 1, Seite 41-49
Kille, Bryce; Nute, Michael G; Huang, Victor; Kim, Eddie; Phillippy, Adam M; Treangen, Todd J

Parsnp 2.0: scalable core-genome alignment for massive microbial datasets

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Oxford University Press (OUP), 2024

Erschienen in: Bioinformatics, 40 (2024) 5
Jain, Chirag; Rhie, Arang; Hansen, Nancy F.; Koren, Sergey; Phillippy, Adam M.

Long-read mapping to repetitive reference sequences using Winnowmap2

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Springer Science and Business Media LLC, 2022

Erschienen in: Nature Methods, 19 (2022) 6, Seite 705-710
Vollger, Mitchell R; Kerpedjiev, Peter; Phillippy, Adam M; Eichler, Evan E

StainedGlass: interactive visualization of massive tandem repeat structures with identity heatmaps

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Oxford University Press (OUP), 2022

Erschienen in: Bioinformatics, 38 (2022) 7, Seite 2049-2051

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