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  1. Saldanha, Oliver Lester [Verfasser:in]; Löffler, Chiara [Verfasser:in]; Niehues, Jan Moritz [Verfasser:in]; van Treeck, Marko [Verfasser:in]; Seraphin, Tobias Paul [Verfasser:in]; Hewitt, Katherine Jane [Verfasser:in]; Cifci, Didem [Verfasser:in]; Veldhuizen, Gregory Patrick [Verfasser:in]; Ramesh, Siddhi [Verfasser:in]; Pearson, Alexander T. [Verfasser:in]; Kather, Jakob Nikolas [Verfasser:in]

    Self-supervised attention-based deep learning for pan-cancer mutation prediction from histopathology

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    28 March 2023

    Erschienen in: npj precision oncology ; 7(2023), Artikel-ID 35, Seite 1-5

  2. Gustav, Marco [Verfasser:in]; Reitsam, Nic Gabriel [Verfasser:in]; Carrero, Zunamys I. [Verfasser:in]; Loeffler, Chiara M. L. [Verfasser:in]; van Treeck, Marko [Verfasser:in]; Yuan, Tanwei [Verfasser:in]; West, Nicholas P. [Verfasser:in]; Quirke, Philip [Verfasser:in]; Brinker, Titus Josef [Verfasser:in]; Brenner, Hermann [Verfasser:in]; Favre, Loëtitia [Verfasser:in]; Märkl, Bruno [Verfasser:in]; Stenzinger, Albrecht [Verfasser:in]; Brobeil, Alexander [Verfasser:in]; Hoffmeister, Michael [Verfasser:in]; Calderaro, Julien [Verfasser:in]; Pujals, Anaïs [Verfasser:in]; Kather, Jakob Nikolas [Verfasser:in]

    Deep learning for dual detection of microsatellite instability and POLE mutations in colorectal cancer histopathology

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    23 May 2024

    Erschienen in: npj precision oncology ; 8(2024), Seite 1-11

  3. El Nahhas, Omar S. M. [Verfasser:in]; Loeffler, Chiara M. L. [Verfasser:in]; Carrero, Zunamys I. [Verfasser:in]; van Treeck, Marko [Verfasser:in]; Kolbinger, Fiona R. [Verfasser:in]; Hewitt, Katherine J. [Verfasser:in]; Muti, Hannah S. [Verfasser:in]; Graziani, Mara [Verfasser:in]; Zeng, Qinghe [Verfasser:in]; Calderaro, Julien [Verfasser:in]; Ortiz-Brüchle, Nadina [Verfasser:in]; Yuan, Tanwei [Verfasser:in]; Hoffmeister, Michael [Verfasser:in]; Brenner, Hermann [Verfasser:in]; Brobeil, Alexander [Verfasser:in]; Reis-Filho, Jorge S. [Verfasser:in]; Kather, Jakob Nikolas [Verfasser:in]

    Regression-based Deep-Learning predicts molecular biomarkers from pathology slides

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    10 February 2024

    Erschienen in: Nature Communications ; 15(2024), 1, Artikel-ID 1253, Seite 1-13

  4. El Nahhas, Omar S. M.; Wölflein, Georg; Ligero, Marta; Lenz, Tim; van Treeck, Marko; Khader, Firas; Truhn, Daniel; Kather, Jakob Nikolas

    Lecture Notes in Computer Science: Joint Multi-task Learning Improves Weakly-Supervised Biomarker Prediction in Computational Pathology

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    Springer Nature Switzerland, 2024

    Erschienen in: Lecture Notes in Computer Science (2024), Seite 254-262

  5. Ghaffari Laleh, Narmin; Truhn, Daniel; Veldhuizen, Gregory Patrick; Han, Tianyu; van Treeck, Marko; Buelow, Roman D.; Langer, Rupert; Dislich, Bastian; Boor, Peter; Schulz, Volkmar; Kather, Jakob Nikolas

    Adversarial attacks and adversarial robustness in computational pathology

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    Springer Science and Business Media LLC, 2022

    Erschienen in: Nature Communications, 13 (2022) 1

  6. Buendgens, Lukas; Cifci, Didem; Ghaffari Laleh, Narmin; van Treeck, Marko; Koenen, Maria T.; Zimmermann, Henning W.; Herbold, Till; Lux, Thomas Joachim; Hann, Alexander; Trautwein, Christian; Kather, Jakob Nikolas

    Weakly supervised end-to-end artificial intelligence in gastrointestinal endoscopy

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    Springer Science and Business Media LLC, 2022

    Erschienen in: Scientific Reports, 12 (2022) 1

  7. El Nahhas, Omar S. M.; van Treeck, Marko; Wölflein, Georg; Unger, Michaela; Ligero, Marta; Lenz, Tim; Wagner, Sophia J.; Hewitt, Katherine J.; Khader, Firas; Foersch, Sebastian; Truhn, Daniel; Kather, Jakob Nikolas

    From whole-slide image to biomarker prediction: end-to-end weakly supervised deep learning in computational pathology

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: Nature Protocols (2024)

  8. Wiest, Isabella Catharina; Ferber, Dyke; Zhu, Jiefu; van Treeck, Marko; Meyer, Sonja K.; Juglan, Radhika; Carrero, Zunamys I.; Paech, Daniel; Kleesiek, Jens; Ebert, Matthias P.; Truhn, Daniel; Kather, Jakob Nikolas

    Privacy-preserving large language models for structured medical information retrieval

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: npj Digital Medicine, 7 (2024) 1

  9. Saldanha, Oliver Lester; Muti, Hannah Sophie; Grabsch, Heike I.; Langer, Rupert; Dislich, Bastian; Kohlruss, Meike; Keller, Gisela; van Treeck, Marko; Hewitt, Katherine Jane; Kolbinger, Fiona R.; Veldhuizen, Gregory Patrick; Boor, Peter; Foersch, Sebastian; Truhn, Daniel; Kather, Jakob Nikolas

    Direct prediction of genetic aberrations from pathology images in gastric cancer with swarm learning

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: Gastric Cancer, 26 (2023) 2, Seite 264-274

  10. Chatterji, Subarnarekha; Niehues, Jan Moritz; van Treeck, Marko; Loeffler, Chiara Maria Lavinia; Saldanha, Oliver Lester; Veldhuizen, Gregory Patrick; Cifci, Didem; Carrero, Zunamys Itzell; Abu-Eid, Rasha; Speirs, Valerie; Kather, Jakob Nikolas

    Prediction models for hormone receptor status in female breast cancer do not extend to males: further evidence of sex-based disparity in breast cancer

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: npj Breast Cancer, 9 (2023) 1

  11. Seraphin, Tobias Paul; Luedde, Mark; Roderburg, Christoph; van Treeck, Marko; Scheider, Pascal; Buelow, Roman D; Boor, Peter; Loosen, Sven H; Provaznik, Zdenek; Mendelsohn, Daniel; Berisha, Filip; Magnussen, Christina; Westermann, Dirk; Luedde, Tom; Brochhausen, Christoph; Sossalla, Samuel; Kather, Jakob Nikolas

    Prediction of heart transplant rejection from routine pathology slides with self-supervised deep learning

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    Oxford University Press (OUP), 2023

    Erschienen in: European Heart Journal - Digital Health (2023)

  12. Saldanha, Oliver Lester; Loeffler, Chiara M. L.; Niehues, Jan Moritz; van Treeck, Marko; Seraphin, Tobias P.; Hewitt, Katherine Jane; Cifci, Didem; Veldhuizen, Gregory Patrick; Ramesh, Siddhi; Pearson, Alexander T.; Kather, Jakob Nikolas

    Self-supervised attention-based deep learning for pan-cancer mutation prediction from histopathology

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    Springer Science and Business Media LLC, 2023

    Erschienen in: npj Precision Oncology, 7 (2023) 1

  13. Loeffler, Chiara Maria Lavinia; Gaisa, Nadine T.; Muti, Hannah Sophie; van Treeck, Marko; Echle, Amelie; Ghaffari Laleh, Narmin; Trautwein, Christian; Heij, Lara R.; Grabsch, Heike I.; Ortiz Bruechle, Nadina; Kather, Jakob Nikolas

    Predicting Mutational Status of Driver and Suppressor Genes Directly from Histopathology With Deep Learning: A Systematic Study Across 23 Solid Tumor Types

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    Frontiers Media SA, 2022

    Erschienen in: Frontiers in Genetics, 12 (2022)

  14. Loeffler, Chiara Maria Lavinia; El Nahhas, Omar S. M.; Muti, Hannah Sophie; Carrero, Zunamys I.; Seibel, Tobias; van Treeck, Marko; Cifci, Didem; Gustav, Marco; Bretz, Kevin; Gaisa, Nadine T.; Lehmann, Kjong-Van; Leary, Alexandra; Selenica, Pier; Reis-Filho, Jorge S.; Ortiz-Bruechle, Nadina; Kather, Jakob Nikolas

    Prediction of homologous recombination deficiency from routine histology with attention-based multiple instance learning in nine different tumor types

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: BMC Biology, 22 (2024) 1

  15. Gustav, Marco; van Treeck, Marko; Carrero, Zunamys I.; Loeffler, Chiara M.; Reitsam, Nic G.; Märkl, Bruno; Meneghetti, Asier Rabasco; Boardman, Lisa A.; French, Amy J.; Goode, Ellen L.; Gsur, Andrea; Brezina, Stefanie; Gunter, Marc J.; Murphy, Neil; Limburg, Paul; Thibodeau, Stephen; Foersch, Sebastian; Steinfelder, Robert; Harrison, Tabitha; Peters, Ulrike; Phipps, Amanda; Kather, Jakob N.

    Abstract 4924: Assessing microsatellite instability dominance in colorectal cancer phenotype: A multi-study initiative using multi-target transformers for genomic biomarker prediction

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    American Association for Cancer Research (AACR), 2024

    Erschienen in: Cancer Research, 84 (2024) 6_Supplement, Seite 4924-4924

  16. El Nahhas, Omar S. M.; Loeffler, Chiara M. L.; Carrero, Zunamys I.; van Treeck, Marko; Kolbinger, Fiona R.; Hewitt, Katherine J.; Muti, Hannah S.; Graziani, Mara; Zeng, Qinghe; Calderaro, Julien; Ortiz-Brüchle, Nadina; Yuan, Tanwei; Hoffmeister, Michael; Brenner, Hermann; Brobeil, Alexander; Reis-Filho, Jorge S.; Kather, Jakob Nikolas

    Author Correction: Regression-based Deep-Learning predicts molecular biomarkers from pathology slides

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: Nature Communications, 15 (2024) 1

  17. Gustav, Marco; Reitsam, Nic Gabriel; Carrero, Zunamys I.; Loeffler, Chiara M. L.; van Treeck, Marko; Yuan, Tanwei; West, Nicholas P.; Quirke, Philip; Brinker, Titus J.; Brenner, Hermann; Favre, Loëtitia; Märkl, Bruno; Stenzinger, Albrecht; Brobeil, Alexander; Hoffmeister, Michael; Calderaro, Julien; Pujals, Anaïs; Kather, Jakob Nikolas

    Deep learning for dual detection of microsatellite instability and POLE mutations in colorectal cancer histopathology

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: npj Precision Oncology, 8 (2024) 1

  18. El Nahhas, Omar S. M.; Loeffler, Chiara M. L.; Carrero, Zunamys I.; van Treeck, Marko; Kolbinger, Fiona R.; Hewitt, Katherine J.; Muti, Hannah S.; Graziani, Mara; Zeng, Qinghe; Calderaro, Julien; Ortiz-Brüchle, Nadina; Yuan, Tanwei; Hoffmeister, Michael; Brenner, Hermann; Brobeil, Alexander; Reis-Filho, Jorge S.; Kather, Jakob Nikolas

    Regression-based Deep-Learning predicts molecular biomarkers from pathology slides

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    Springer Science and Business Media LLC, 2024

    Erschienen in: Nature Communications, 15 (2024) 1

  19. Hewitt, Katherine J; Löffler, Chiara M L; Muti, Hannah Sophie; Berghoff, Anna Sophie; Eisenlöffel, Christian; van Treeck, Marko; Carrero, Zunamys I; El Nahhas, Omar S M; Veldhuizen, Gregory P; Weil, Sophie; Saldanha, Oliver Lester; Bejan, Laura; Millner, Thomas O; Brandner, Sebastian; Brückmann, Sascha; Kather, Jakob Nikolas

    Direct image to subtype prediction for brain tumors using deep learning

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    Oxford University Press (OUP), 2023

    Erschienen in: Neuro-Oncology Advances, 5 (2023) 1

  20. Niehues, Jan Moritz; Quirke, Philip; West, Nicholas P.; Grabsch, Heike I.; van Treeck, Marko; Schirris, Yoni; Veldhuizen, Gregory P.; Hutchins, Gordon G.A.; Richman, Susan D.; Foersch, Sebastian; Brinker, Titus J.; Fukuoka, Junya; Bychkov, Andrey; Uegami, Wataru; Truhn, Daniel; Brenner, Hermann; Brobeil, Alexander; Hoffmeister, Michael; Kather, Jakob Nikolas

    Generalizable biomarker prediction from cancer pathology slides with self-supervised deep learning: A retrospective multi-centric study

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    Elsevier BV, 2023

    Erschienen in: Cell Reports Medicine, 4 (2023) 4, Seite 100980