Marquardt, Stephan
[Author]
;
Pützer, Brigitte Maria
[Degree supervisor];
Kaderali, Lars
[Degree supervisor]Universität Rostock,
Universität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät
Etablierung des E2F1-Interaktoms metastasierungsrelevanter Faktoren durch Integration bioinformatischer und experimenteller Methoden
University thesis:
Dissertation, Universität Rostock, 2020
Footnote:
Für nähere Informationen zur bioinformatischen Analyse des E2F1-Netzwerkes, siehe die parallele Doktorarbeit von Faiz M. Khan: "An integrated workflow to study large-scale biochemical networks" der Fakultät für Informatik und Elektrotechnik der Universität Rostock. Teile beider Doktorarbeiten wurden publiziert unter: "Unraveling a tumor type-specific regulatory core underlying E2F1-mediated epithelial-mesenchymal transition to predict receptor protein signatures" Khan FM, Marquardt S, Gupta SK, Knoll S, Schmitz U, Spitschak A, Engelmann D, Vera J, Wolkenhauer O, Pützer BM. Nat Commun. 2017 Aug 4;8(1):198. doi: 10.1038/s41467-017-00268-2
GutachterInnen: Brigitte M. Pützer (Universitätsmedizin Rostock, Institut für Experimentelle Gentherapie und Tumorforschung) ; Lars Kaderali (Universität Greifswald, Institut für Bioinformatik)
Description:
In dieser Arbeit wurde durch intensive Literatur- und Datenbankrecherche ein Protein-Protein/Gen-Interaktionsnetzwerk um den Transkriptionsfaktor E2F1 herum erstellt. Er ist Schlüsselfaktor für die epithelial-mesenchymale Transition (EMT), Voraussetzung für die Metastasierung. Eine anschließende bioinformatische Analyse identifizierte tumorspezifische Signaturen der E2F1-vermittelten EMT, welche experimentell und anhand von Patientendaten validiert wurden. Gemeinsame Zielgene des näher untersuchten E2F1-TGFβ-Interaktoms bieten mögliche Therapieziele für Krebspatienten.<ger>
By intensive literature and database research we constructed a comprehensive map of interactions around the transcription factor E2F1, a key driver of the epithelial-mesenchymal transition (EMT) as a prerequisite for metastasis. The subsequent bioinformatics analysis of this map lead to the identification of tumour-specific molecular signatures of E2F1-driven EMT. These signatures were validated experimentally as well as on patient data. Common transcriptional targets of the investigated E2F1-TGFβ co-regulome might be suitable therapeutic targets for cancer patients.<eng>