University thesis:
Dissertation, Friedrich-Schiller-Universität Jena, 2024
Footnote:
Tag der Verteidigung: 06.02.2024
Zusammenfassungen in deutscher und englischer Sprache
Description:
Das Hauptziel meiner Arbeit war, die Regulation verschiedener Gene, die an der Pilzerkennung beteiligt sind, besser zu verstehen. Um mein Ziel zu erreichen, habe ich zwei verschiedene Ansätze gewählt. Zum einen wurden die Gene untersucht, die durch die Stimulation mit Glykanen beeinflusst werden, und zum anderen die Gene, die als Reaktion auf die Stimulation mit Glykanen alternativ gespleißt werden. Für diese Fragestellung wurden THP-1 Zellen als Zellmodel verwendet und Glykane wie ß-Glucan, Skleroglucan und Zymosan als Pilzliganden eingesetzt. THP-1 Zellen wurden, um Genveränderungen zu untersuchen, mit den Glykanen ß-Glucan und Skleroglucan stimuliert, Zymosan wurde zusätzlich zu den beiden anderen Glykanen verwendet, um alternatives spleißen zu untersuchen. Nach Stimulation von THP-1 Zellen wurde die RNA aus diesen Zellen extrahiert. Die Sequenzierungsdaten zeigten die Beteiligung von Genen, die an der Aktivierung sowohl des angeborenen als auch des adaptiven Immunsystems beteiligt sind. Der TLR-Signalweg, der Chemokin-Signalweg, der NLR-Signalweg, der DNA-Sensorweg, die fokale Adhäsion und die Phagozytose wurden durch die Glykanstimulation beeinflusst. LRRC37A3, EFCAB2, WRN und RAPGEF2 gehören zu den Genen, die variabel gespleißt wurden.
The primary goal of my research was to better comprehend the various genes involved in fungal infection. Two different approaches were taken to achieve my objective. One is to investigate the genes that are impacted by glycan stimulation, and the other is to investigate the genes that are alternatively spliced in response to glycan stimulation. THP-1 cells were used as the cell model for this research, and glycans such as ß-glucan, scleroglucan, and zymosan were used as fungal ligands. THP-1 cells were stimulated with the glycans ß-glucan and scleroglucan to investigate gene alteration, and zymosan was used in addition to the other two glycans to study alternative splicing. THP-1 cells were activated with different glycans, and RNA-sequencing was performed. The sequencing data showed the participation of genes involved in the activation of both the innate and adaptive immune systems. The TLR signaling pathway, the chemokine signaling pathway, the NLR signaling pathway, the DNA sensing pathway, focal adhesion, and phagocytosis were all impacted by glycan stimulation. LRRC37A3, EFCAB2, WRN, and RAPGEF2 are among the genes that have been variably spliced.