Sauer, Tilman
[Author]
;
Waack, Stephan
[Contributor];
Wingender, Edgar
[Contributor]
Evaluierung des phylogenetischen Footprintings und dessen Anwendung zur verbesserten Vorhersage von Transkriptionsfaktor-Bindestellen ; Evaluation of phylogenetic footprinting and its application to an improved prediction of transcription factor binding sites
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Media type:
Doctoral Thesis;
E-Book;
Electronic Thesis
Title:
Evaluierung des phylogenetischen Footprintings und dessen Anwendung zur verbesserten Vorhersage von Transkriptionsfaktor-Bindestellen ; Evaluation of phylogenetic footprinting and its application to an improved prediction of transcription factor binding sites
Footnote:
Diese Datenquelle enthält auch Bestandsnachweise, die nicht zu einem Volltext führen.
Description:
Das Humangenom besitzt zwischen 20000 und 25000 Gene, die für Proteine codieren, und RNA-Gene unterschiedlicher Funktion, aber ungefähr 95% des Humangenoms werden vermutlich nicht transkribiert. In diesem Sequenzanteil liegen die Informationen zur Strukturorganisation und Transkriptionsregulation des Genoms verborgen. Möchte man die Genregulation verstehen und modellieren können, benötigt man zuallererst die Kenntnis über die Lokalisationen von regulatorischen Elementen. Bestimmte Proteine, die sogenannten Transkriptionsfaktoren (TFs), binden an solche regulatorische Elemente, die daher auch Transkriptionsfaktor-Bindestellen (TFBSs) genannt werden, und beeinflussen die Effizienz der Transkription des regulierten Gens. TFBSs können mit verschiedenen Methoden experimentell identifziert werden, wobei diese jedoch zeit- und kostenintensiv sind. Eine andere Möglichkeit zur Bestimmung von TFBSs sind bioinformatische Methoden. Regulatorische Elemente sind allerdings kurz und degeneriert, daher ist die Chance, dass ein bestimmtes Sequenzmuster zufällig gefunden wird, relativ hoch, was die zuverlässige bioinformatische Detektion von TFBSs erschwert. Um das Signal-zu-Rausch-Verhältnis bei dieser Suche zu verbessern, wird häufig die Sequenz-Konserviertheit zwischen orthologen nicht-codierenden Sequenzen zweier oder mehrerer Spezies genutzt. Dieses sogenannte Phylogenetische Footprinting basiert auf der Annahme, dass funktionelle Bereiche in nicht-codierenden Sequenzen einem höheren evolutionären Druck unterliegen als nicht funktionelle Bereiche und sich daher in einem Alignment durch eine erhöhte Konserviertheit auszeichnen.Im Rahmen dieser Arbeit wurde der Ansatz des phylogenetischen Footprintings evaluiert. Dazu wurde untersucht, inwiefern experimentell verifizierte TFBSs durch Sequenzvergleiche zwischen Mensch und Maus, Ratte, Hund sowie Kuh detektiert werden können, um den Ansatz zu kalibrieren und einzuschätzen. Für den Erfolg des phylogenetischen Footprintings ist die Sicherstellung der orthologen Beziehung zwischen ...