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Objetivos. Describir el proceso de priorización para el desarrollo de guías de práctica clínica (GPC) en el Seguro Social de Salud del Perú (EsSalud). Métodos. El proceso de priorización se realizó mediante un análisis multicriterio en tres pasos: identificar las variables, obtener información de las mismas y asignarles una ponderación. Finalmente, se obtuvo una lista ordenada que fue puesta a consideración de los decisores de política. Resultados. Las cinco enfermedades con mayor número de AVISA (años de vida saludable perdidos) fueron: artrosis, glaucoma, esquizofrenia, osteoporosis y fracturas patológicas, y diabetes mellitus. Las de mayor gasto en medicamentos fueron: hemofilia, el grupo de nefritis, nefrosis (principalmente insuficiencia renal crónica), artritis reumatoide, cáncer de mama y SIDA. Las enfermedades prioritarias desde el punto de vista de la oferta de servicios fueron aquellas con alta mortalidad y alta discapacidad. Conclusiones. Se realizó el primer proceso de priorización de GPC en el Perú. Las 5 primeras enfermedades priorizadas fueron: artrosis, diabetes mellitus, glaucoma, enfermedad renal crónica y lumbago.