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La creciente necesidad de las pequeñas y medianas empresas por innovar y las limitadas prácticas de gestión humana que estas presentan hacen que surja una creciente investigación sobre cómo las características internas de la organización, enfocadas en el personal promueven que la innovación sea mayor. Frente a la escaza investigación de esta relación en empresas de menor tamaño en Colombia y la creciente necesidad de ser competitivos, esta investigación tiene como objetivo identificar el efecto de las prácticas de gestión humana sobre la innovación de las Pymes colombianas. Para cumplir con este objetivo se aplicaron 492 encuestas a gerentes de las Pymes de Cali, Bogotá y Medellín. Como resultado de esta investigación se evidencia que las prácticas de gestión humana sí tienen un efecto sobre la innovación, pero no todas el mismo efecto. Los resultados revelan que la selección y la evaluación de desempeño hacen que la innovación aumente. Igualmente, se muestra que, para el caso de la innovación en productos, la compensación se convierte en otra práctica que determina esta relación.