Multi-dimensional probing for RNA secondary structure(s) prediction ; Analyse différentielle de données de sondage pour la prédiction des structures d'acides ribonucléiques
Titel:
Multi-dimensional probing for RNA secondary structure(s) prediction ; Analyse différentielle de données de sondage pour la prédiction des structures d'acides ribonucléiques
Anmerkungen:
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Beschreibung:
En bioinformatique structurale, la prédiction de la (des) structure(s) secondaire(s) des acides ribonucléiques (ARNs) constitue une direction de recherche majeure pour comprendre les mécanismes cellulaires. Une approche classique pour la prédiction de la structure postule qu'à l'équilibre thermodynamique, l'ARN adopte plusieurs conformations, caractérisées par leur énergie libre, dans l’ensemble de Boltzmann. Les approches modernes privilégient donc une considération des conformations dominantes. Ces approches voient leur précision limitées par l'imprécision des modèles d'énergie et les restrictions topologiques pesant sur les espaces de conformations.Les données expérimentales peuvent être utilisées pour pallier aux lacunes des méthodes de prédiction. Différents protocoles permettent ainsi la révélation d'informations structurales partielles via une exposition à un réactif chimique/enzymatique, dont l'effet dépend, et est donc révélateur, de la (les) structure(s) adoptée(s). Les données de sondage mono-réactif sont utilisées pour valider et complémenter les modèles d’énergie libre, permettant ainsi d’améliorer la précision des prédictions. En pratique, cependant, les praticiens basent leur modélisation sur des données de sondage produites dans diverses conditions expérimentales, utilisant différents réactifs ou associées à une collection de séquences mutées. Une telle approche intégrative est répandue mais reste manuelle, onéreuse et subjective. Au cours de cette thèse, nous avons développé des méthodes in silico pour une modélisation automatisée de la structure à partir de plusieurs sources de données de sondage.En premier lieu, nous avons établi des pipelines d’analyse automatisés pour l'acquisition de profils de réactivité à partir de données brutes produites à travers une série de protocoles. Nous avons ensuite conçu et implémenté une nouvelle méthode qui permet l'intégration simultanée de plusieurs profils de sondage. Basée sur une combinaison d'échantillonnage de l'ensemble de Boltzmann et de clustering ...