Moniot, Antoine
[Verfasser:in]
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Université de Lorraine
[Mitwirkende:r];
Guermeur, Yann
[Mitwirkende:r];
Chauvot de Beauchêne, Isaure
[Mitwirkende:r]
Modélisation 3D de complexes ARN-protéine par assemblage combinatoire de fragments structuraux ; 3D modeling of protein-RNA complexes by combinatorial assembling of structural fragments
Titel:
Modélisation 3D de complexes ARN-protéine par assemblage combinatoire de fragments structuraux ; 3D modeling of protein-RNA complexes by combinatorial assembling of structural fragments
Anmerkungen:
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Beschreibung:
La caractérisation des complexes ARN-protéine à l'échelle atomique nous permet de mieux comprendre les fonctions de ces complexes, et de définir des cibles thérapeutiques pour réguler les phénomènes biologiques auxquels ils participent. L'objet de cette thèse est de développer des outils permettant de prédire la structure d'un complexe protéine-ARN lorsque l'on connaît une structure 3D de la protéine ainsi que la structure secondaire de la partie d'ARN en interaction. Nous nous concentrons sur le cas où l'ARN est principalement sous forme simple brin (nucléotides non appariés), posant la difficulté de sa flexibilité. Une méthode d'amarrage développée dans l'équipe CAPSID repose sur l'utilisation de fragments structuraux d'ARN simple brin. Le travail de cette thèse s'est appuyé sur cette méthode pour réaliser l'amarrage de structures secondaires de l'ARN. Nous avons d'abord évalué l'apport d'une contrainte de fermeture de boucle pour l'amarrage de la boucle simple brin d'une structure en épingle, puis abordé l'amarrage des éléments double brin de ces structures, ouvrant la voie à l'assemblage du complexe entier. Cette méthode d'amarrage est dépendante de l'utilisation de bibliothèques de fragments structuraux. Ces bibliothèques sont composées de prototypes qui représentent le paysage conformationnel observé expérimentalement dans les structures d'ARN liés à des protéines. Une large partie du travail de thèse a consisté en la création et l'optimisation de telles bibliothèques de fragments. Nous avons créé l'outil ProtNAff qui permet d'extraire de la PDB des sous-ensembles de structures et de créer des bibliothèques de fragments d'acides nucléiques, suivant des combinaisons complexes de critères. Il a été conçu de façon à dépasser nos besoins, afin d'être adopté par la communauté pour le traitement de problèmes variés. Nous avons développé une nouvelle approche pour l'inférence de prototypes représentatifs d'un ensemble de conformations. L'ensemble de prototypes doit satisfaire deux contraintes contradictoires: ...